《女神异闻录 4》是《女神转生》外传《女神异闻录》系列最新作，由前作《女神异闻录 3》原班人马制作，承袭高中校园生活 + 神秘灵异事件主题，并采用全新故事。游戏以前作 2 年后的日本乡村小镇“稻羽市”为舞台，玩家将扮演刚转学到稻羽市八十神高中 2 年级的主角，在追查神秘连续杀人事件时，潜在的“PERSONA”能力觉醒，同时也开启了进入异世界的大门，与其他 PERSONA 召唤者一同挑战神秘的迷宫。
故事发生在2029年，被病毒袭击的日本陷入了混乱之后被名为“GHQ”的暴力组织全面接手，政府逐渐成为了傀儡。在这样动荡的大环境下，樱满集（梶裕贵 配音）只是一名平凡的高中生，过着属于他的平凡生活，直到那个叫做楪祈（茅野爱衣 配音）的少女出现在他的眼前。祈的真实身份为“葬仪社”的成员，这个社团以从GHQ的手上夺回日本自治权为目标不断进行着危险而残酷的战争。在组织首领恙神涯（中村悠一 配音）的引导之下，集成为了组织的一员，结识了同僚筱宫绫濑（花泽香菜 配音）和鸫（竹达彩奈 配音）等人。随着战斗的升级，各种迹象显示出集似乎拥有着神秘的力量，而躲在诸多敌人背后的究竟是怎样强大的存在，众人无从而知…
故事的地点发生在这个整年都会不可思议地开着樱花而出名的新月型岛--初音岛。梦幻的初音岛上发生了不可思议的现象，本不会枯萎的樱花在一夜之间突然枯萎了。两年之后，樱花再度在初音岛上绽放。主人公朝仓纯一进入风见学园，继续过着校园生活。他的口头禅“好困”消失了，变成了勤勉努力，热衷体育的开朗青年。此时，他的两个妹妹，两年前离去的朝仓音梦..
青丘圣女苏璃为爱承受七十二根透骨钉，嫁入天界。仙妖隔阂叠加魔族算计，诸多误会致使青丘覆灭，二人于诛妖台一同陨落。重生后她与天帝凌玄意外换魂，亲历彼此过往伤痛。真相揭晓，爱恨纠缠，三界烽烟重燃，二人能否挣脱宿命扭转悲剧？
孤独的乌妃不为人知的真面目，
两个傻里傻气的幼虫被困在热带岛屿上，不管是发现食物，还是结交新的朋友，他们都能打打闹闹，从中找到乐趣
插花婆婆老年丧女，因无法接受现实，受奸人“亦邪”的蛊惑，种下一株能“借尸还魂”的仙草。多年后，仙草长成了一座活着的大山——玲珑山，其方圆数十里内的万物生灵因诅咒发生了变异。小道士小宇外出寻找师傅，途中误入玲珑山，发现了它的秘密，而随着玲珑山的成熟，传说中死去的小女孩也即将复活……
