《女神异闻录 4》是《女神转生》外传《女神异闻录》系列最新作，由前作《女神异闻录 3》原班人马制作，承袭高中校园生活 + 神秘灵异事件主题，并采用全新故事。游戏以前作 2 年后的日本乡村小镇“稻羽市”为舞台，玩家将扮演刚转学到稻羽市八十神高中 2 年级的主角，在追查神秘连续杀人事件时，潜在的“PERSONA”能力觉醒，同时也开启了进入异世界的大门，与其他 PERSONA 召唤者一同挑战神秘的迷宫。
深渊中，魔物冲出深渊，人类召唤英灵侵害对抗，楚休觉醒了英灵里最低级的灵器，被父亲唾弃、被少年弟弟感动、被众人为之，却凭借金手指万魂拂乾坤，不仅追查了屠杀自己深渊的人，同时还查到了母亲死亡的原因，并找到了母亲的真身，解开邪神教会不为人知的秘密，最终成为蓝星守护者。
林肯·劳德是一个十一岁的男孩，和十个姐妹住在一起。在得力助手克莱德的帮助下，林肯每天都在寻找在这个大家庭中生存的新方法。
羊狼们陪同力将军、皓月去到灵熙国，参观传说中能让人奇力大增的麒麟鼎。没想到意外突发，喜羊羊被卷入一场案件之中，危在旦夕。为了拯救喜羊羊，羊狼们游走在灵熙国各大势力中寻求方法。一路上，羊狼们不仅结识了各大势力里性格各异的新伙伴，获得新的奇力武器升级了奇力，还见识了灵熙国不同门派的风俗习惯，经历了许许多多的人情冷暖。最终，在小羊们的努力之下，终于成功拯救喜羊羊。而万万没想到，喜羊羊遭遇的种种磨难，竟然是一个惊天阴谋……
与七大不可思议中的第七号、“厕所的花子”中的花子君结下不解之缘的少女：八寻宁宁。驱魔师一族的少年：源光。两人与花子君一起，为了将发生异变的七大不可思议以及怪异的传闻恢复原状，每日奔忙不停。忽一日，花子君说道：七大不可思议中出了背叛者。宁宁等人为了找出背叛者，开始逐一摧毁七大不可思议的依附物。他们已经摧毁了第二号“岬的楼梯”以及第五号“16时的书库”，剩下包括“厕所的花子”在内的五个…而在暗中，花子君的弟弟司，召集了七峰樱、日向夏彦、以及新成为七大不可思议第三号“镜地狱”的三叶，接近了宁宁等人尚未找到的七大不可思议……
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