《女神异闻录 4》是《女神转生》外传《女神异闻录》系列最新作，由前作《女神异闻录 3》原班人马制作，承袭高中校园生活 + 神秘灵异事件主题，并采用全新故事。游戏以前作 2 年后的日本乡村小镇“稻羽市”为舞台，玩家将扮演刚转学到稻羽市八十神高中 2 年级的主角，在追查神秘连续杀人事件时，潜在的“PERSONA”能力觉醒，同时也开启了进入异世界的大门，与其他 PERSONA 召唤者一同挑战神秘的迷宫。
舞台是在某个国家的某个地区莫斯特城市。在陈旧大楼的二楼有一家发行《月刊妄想科学》的小出版社。《月刊妄想科学》是一本异想天开，报道“真是吓人一跳！”的事件、即使是科学家也会发出“要不行啦！”声音的超科学现象的科学杂志。工作人员只有帅哥主编兼编辑的塔罗·J·铃木。再加上小学生助手吉罗·田中和狗狗三郎。编辑部一直是空的，塔罗、吉罗和三郎都沉浸在同一栋大楼1F的咖啡馆《岩石（ROCK）》中。有一天，科学家戈洛·佐藤前来咨询，由此开始了一个异想天开的故事……。
铁拳虎失去超星核后，丧失了所有人工智能的能力，沦为普通小宠物。没有超星核能源的支撑，铁拳虎生命迹象逐渐流逝。然而更让大家担心的是，铁拳虎体内的虚空次元会因断电而造成空间稳定器失效，恐怕到时候整个世界都会被虚空次元吸掉。迷糊博士启动了咕咚店底下的宇宙飞船，猪猪侠为铁拳虎接上备用能源，勉强维持基本机能运作。而另一边星际超好玩联盟主席普利斯，颁布宇宙命令，将猪猪侠等人通通驱逐到宇宙边界，永远不得踏入任何星球。迷糊博士只好带着大家撤离童话星球，展开一段拯救铁拳虎的星际旅行。
仙帝赵英雄苦修数千年，卡在仙帝境无法破碎虚空。八万年未激活的最强修真系统突然上线，首个任务竟是抽八万年前欺辱他的气运之子张三屁股九九八十一下，奖励为破境关键 “鸿蒙道韵”。赵英雄回归青云宗，发现张三已成美艳失忆的宗门祖师，宗门衰败仅剩三女弟子，还遭嗜血门围攻。他覆灭嗜血门后完成任务，张三晋级金丹，自己也获鸿蒙道韵。系统坑人不断：猎捕活物不说明规则、发筑基体验卡坑他变筑基期，引来血冥渊、天机老人追杀。赵英雄靠仙帝智慧忽悠弟子、拖延时间，待神兽归来恢复实力反杀天机老人，收编鸿蒙仙府、天剑圣地，将青云宗打造成青云仙门。随着鸿蒙道韵增多，他发现重生、系统迟到、宗门衰败，皆源于八万年天道棋局，博弈才刚开启。
网文作家赖晓光无意间进入了一个名为“上帝之手”的虚拟世界中。在这个奇幻的世界里，她变成了狼人大牛，并被卷入到了一起国宝失窃案中。为了调查真相，她不得不和羊王旺财一起踏上了旅程。
未来随着日益增多的自然灾害和来自宇宙的灾难，一个叫“山海际会”的神秘组织出现，想要摧毁并替换当代人类。主角雷期加入 “钛极鼎”外骨骼装甲作战小队，与这个神秘科技组织进行多方位交锋，通过一步步解密，发现人类梦境竟是全面接触到整个宇宙的窗口，于是围绕着现实与象限两个世界的探秘与不同年代文明的交锋便展开了……
故事发生在科技飞速发展的未来世界，彼时，人工智能机器人早已经不是罕见之物，正慢慢地融入人类的生活之中。高考落榜之后，十八岁的青年水柿司（内匠靖明 配音）在父母的帮助下来到了SAI社工作，SAI社的主要产品即是名为“Giftia”的人形智能机器人。水柿司被安排到了终端部门工作，来到办公室后水柿司才发现，这个部门的主要职责竟然是回收即将报废的机器人。在这里，水柿司结识了名为艾拉（雨宫天 配音）的少女，她其实正是一名机器人，艾拉外表冷漠不善言其，却有着意外可爱的一面。就这样，水柿司和艾拉成为了工作中的搭档，两人之间渐渐产生了真挚的友谊。
