《女神异闻录 4》是《女神转生》外传《女神异闻录》系列最新作，由前作《女神异闻录 3》原班人马制作，承袭高中校园生活 + 神秘灵异事件主题，并采用全新故事。游戏以前作 2 年后的日本乡村小镇“稻羽市”为舞台，玩家将扮演刚转学到稻羽市八十神高中 2 年级的主角，在追查神秘连续杀人事件时，潜在的“PERSONA”能力觉醒，同时也开启了进入异世界的大门，与其他 PERSONA 召唤者一同挑战神秘的迷宫。
中田正义（内田雄马 配音）是一位成熟稳重的大学生，人生目标是成为公务员，内心充满了正义感的他总是给人一种非常正能量的感觉。某天夜里，中田偶遇了一位遭到了醉鬼纠缠的外国人，后来才知道，他的名字叫做理查德（樱井孝宏 配音），因为其杰出的坚定宝石的技巧，而被称为“行走的宝石”。理查德经营着一家珠宝店，中田的手中有一枚祖母一直珍藏着的宝石，他将宝石拿给了理查德鉴定，没想到就此揭开了祖母深藏了多年的秘密。以此为契机，理查德邀请中田到自己的店里来打工，中田就此步入了一个自己闻所未闻的全新世界之中。
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我们不可能永远只是儿时好友──
在高科技的未来世界,人类在来自奥茨玛星球科学家啦啦的帮助下，制造出了代表人类科技最高技术水平的龙骑手镯，手镯能够召唤出性格各异、能力巨大的机械恐龙。但是，一股想称霸地球的邪恶势力暗中精心策划了一起抢夺手镯的阴谋。黑暗势力在抢夺手镯失败之后，召唤出了具有强大破坏力的克隆异形-百兽王来袭击人类。为了对抗黑暗势力研制出来的百兽王，龙骑队员决定回到亿万年前的恐龙时代，找到五只最优秀的恐龙王的蛋，提取基因，完善龙骑手镯，抵抗百兽王。
这是一个忍者依旧活跃在舞台上的世界。然而和过去不同，如今的忍者多为富翁和政治家效力，帮助他们干一些见不得人的勾当，这样失去了信仰的忍者被称为“恶忍”。为了对抗日益壮大的恶忍势力，政府建立了半藏学院，将那里作为培养“善忍”的地方。天真活泼的焰（喜多村英梨 配音）、出身贫困却有着格外坚韧的意志的咏（芽野爱衣 配音）、沉默寡言丝毫不表露任何感情的日影（白石凉子 配音）、看上去像个小孩其实对自己身材十分在意的未来（后藤沙绪里 配音）、腹黑狡猾但实际上充满了母性光辉的春花（丰口惠美 配音），在学校里，这五名少女相遇了。
