近未来的东京，有着一个为了夺取“最强武器”而建立的两大组织，以开发最强兵器为目的的导示重工，和通过操控遗传因子来制造优秀人类的NSWF。他们的共同目的只有一个，就是得到那个拥有着最强威力、并且只有通过被选中的女人才能操纵的终极武器“WITCHBLADE”。地震灾害的6年之后……天羽雅音、梨穂子 ，两人幸福的生活着，但是，等待着她们的却是，WITCHBLADE那暗之力的召唤，以及异常残酷的命运……
由于King Records的疏忽，电视动画和第3季同时开展的梦想土崩瓦解…… 到底两人能在动画播放之前幸存下来吗……
原本相看两生厌、互不信任不会武功的文治皇帝和舞刀弄枪的武将皇后因意外互换了身体，不得不接受现实的两人，在扮演对方身份的过程中，解开了误会，学会了爱与信任。结发为夫妻，恩爱两不疑。
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霍雨浩结束交换生生活回到史莱克学院后，和贝贝、徐三石、和菜头等人一起参加了海神缘相亲大会，并在大会上与恢复女儿身的王冬儿相认定情。但没过多久，史莱克学院转来了一个和王冬儿长得一模一样的女孩——王秋儿。新一届全大陆高级魂师学院斗魂大赛在即，霍雨浩一行决定代表唐门出战。
一名 15 岁的男孩拥有利用纳米机器人从体内制造机器的能力，他被政府招募来阻止利用相同科学创造的其他生物。
