近未来的东京，有着一个为了夺取“最强武器”而建立的两大组织，以开发最强兵器为目的的导示重工，和通过操控遗传因子来制造优秀人类的NSWF。他们的共同目的只有一个，就是得到那个拥有着最强威力、并且只有通过被选中的女人才能操纵的终极武器“WITCHBLADE”。地震灾害的6年之后……天羽雅音、梨穂子 ，两人幸福的生活着，但是，等待着她们的却是，WITCHBLADE那暗之力的召唤，以及异常残酷的命运……
玩家东东因意外穿越进游戏《天青》成为最弱小野怪﹣﹣骷髅，不明情况的东东凭借自己多年的游戏经验，初期收获了一群野怪小弟。
主人公逸徇受父命前往上石郡，意欲收复政权，铲除清理当地掌权机关“玄天司”首领——葛覃。不料方到上石郡逸徇却倍受到冷遇，葛覃尽显地头蛇风范，逸徇第一战出师不利。恰逢此时少女十一月前来行刺葛覃。逸徇顺势借此事件还以玄天司众部颜色，宣告自己的主权。但十一月行刺未果遇险，逸徇好意救下十一月，不料却反被十一月绑至小树林。二人暗中交谈，逸徇从十一月口中了解到古族的往事，意识到可以利用古族之力与玄天司对抗，于是替十一月解毒，打算招募她为自己所用。不料玄天司黍离带领追兵包围小树林，二人陷入险境，葛覃也于此时现身。葛覃强行要带走十一月，不惜与逸徇爆发冲突，两伙人在树林大战。战斗中逸徇无意间触发自己古族的血脉，复刻了十一月的图腾，并且借助其灵力，带领重伤的十一月一起脱逃。
新的冒险中，心奇等人迎来了全新的伙伴——小秀。被心奇和霸王龙战斗身姿折服的小秀，在不停的请求下，成为了心奇的徒弟。但是在某天，小秀被欧阳博士抓走，并被洗脑成为宇宙征服者黑耀的手下。为了救回小秀，心奇和伙伴们勇闯异世界，和欧阳博士以及黑耀决一胜负。神秘人欧阳博士的到来，给心奇等人新的冲击。各种攻击力强的金属兽在城市中大肆破坏，并袭击了爆龙训练师。原来这一切其实都是宇宙征服者黑耀的计划，为的就是要培养出一只究极怪兽“歼星兽”来征服世界。面对全新的敌人，心奇等人也获得了全新的魔方力量。通过魔方的力量，爆龙全新进化——变身成为魔方机器人。在他们的努力下，成功制止了欧阳博士的行动，打败异世界的邪神黑耀，救回小秀，成功守护地球。
