近未来的东京，有着一个为了夺取“最强武器”而建立的两大组织，以开发最强兵器为目的的导示重工，和通过操控遗传因子来制造优秀人类的NSWF。他们的共同目的只有一个，就是得到那个拥有着最强威力、并且只有通过被选中的女人才能操纵的终极武器“WITCHBLADE”。地震灾害的6年之后……天羽雅音、梨穂子 ，两人幸福的生活着，但是，等待着她们的却是，WITCHBLADE那暗之力的召唤，以及异常残酷的命运……
故事发生在一个虚构的世界之中，魔神即将从沉睡之中苏醒，世界将因此而成为鲜血和火焰的海洋，为了击败魔神使其再度沉睡，六名勇者被神意挑选了出来，他们的身上会出现花朵的纹章作为标识，人们称他们为“六花勇者”。然而，这一次，被选出的勇者却有七人，这也就意味着，性格奔放开朗的娜谢塔尼娅（日笠阳子 配音）、个性冷淡沉默寡言的芙蕾米（悠木碧 配音）、坚强的莫拉（佐藤利奈 配音）、拥有超高智商的汉斯（铃村健一 配音）、傲娇毒舌的茶末（加隈亚衣 配音）、成熟稳重的戈尔道夫（内山昂辉 配音）和胆小的洛洛尼亚（金元寿子 配音），在这些人之中，存在着一个叛徒。
随着和平的到来而走向近代化的木叶忍者村。高楼林立，巨大显示屏中播放出影像，连结各区域的电车在村里奔驰。虽说是忍者村，但一般民众也增多，忍者的生存方式也在逐渐改变的这个时代——村子的领袖，第七代火影·漩涡鸣人的儿子慕留人，进入了培育忍者的学校“忍者学校”。周围的学生们带着“火影的儿子”这样偏见的目光看待慕留人，但慕留人凭借天生的破天荒性格将这种小事轻松越过！慕留人与新的伙伴相遇，他将如何挑战突然发生的神秘事件？在众人心中如疾风般狂奔的“漩涡慕留人”的物语，现在开始！！
