近未来的东京，有着一个为了夺取“最强武器”而建立的两大组织，以开发最强兵器为目的的导示重工，和通过操控遗传因子来制造优秀人类的NSWF。他们的共同目的只有一个，就是得到那个拥有着最强威力、并且只有通过被选中的女人才能操纵的终极武器“WITCHBLADE”。地震灾害的6年之后……天羽雅音、梨穂子 ，两人幸福的生活着，但是，等待着她们的却是，WITCHBLADE那暗之力的召唤，以及异常残酷的命运……
主角樊凌霄是凌霄阁少年掌门，将一条小鲇鱼进化成了吞天噬地的灵鲲，名震天下。但在一次对决中灵鲲进化失败，竟然弑主。因为夺舍涅槃的能力，一年后樊凌霄占据他人身体再次苏醒，凌霄阁因为掌门的死亡渐渐破败了，这一次他和他的灵鲲再次带领凌霄阁走向巅峰！
中国某朝代的皇太子一次民间出巡，邂逅了一位民间女子，并生下一个女儿，但却适逢盗贼作乱，皇太子与母女俩失散多年。数年后皇太子已登基为皇帝，与女儿重逢后发觉女儿在民间流落多年，沾染了民间市井之气。皇帝决定将女儿重新教导成一个高贵的格格。但格格早已习惯自由自在的生活，她那顽皮捣蛋的可爱性格却为严肃乏味的皇宫带来了新气象，故事由此而起。
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现在，再一次去往广大的蓝天——。憧憬天空、以星之岛为目标的少年，与从天而降、不可思议的蓝发少女，两人成为了命运与生命的共同体。向天空出发的少年与少女，与值得信赖的同伴和前往目的地的骑空艇相逢。经由躲避帝国的追击，以及与星晶兽的邂逅，两人加深了牵绊并逐渐成长。但前往星之岛的路程还只过了一半。少年与少女和同伴一起，向着接下来的旅程进发。
