近未来的东京，有着一个为了夺取“最强武器”而建立的两大组织，以开发最强兵器为目的的导示重工，和通过操控遗传因子来制造优秀人类的NSWF。他们的共同目的只有一个，就是得到那个拥有着最强威力、并且只有通过被选中的女人才能操纵的终极武器“WITCHBLADE”。地震灾害的6年之后……天羽雅音、梨穂子 ，两人幸福的生活着，但是，等待着她们的却是，WITCHBLADE那暗之力的召唤，以及异常残酷的命运……
生活在现代的雪女后代冰室君，是个一有情绪波动，就会引发暴风雪并制造出雪人或者雪屋的新社会人。由于他对有些独特但很善良的同事冬月小姐的暗恋之情变得越来越强烈，有时候甚至会将周围冰冻起来。另一方面，被周围人认为很高冷的冬月小姐也对神秘的冰室很感兴趣。
