近未来的东京，有着一个为了夺取“最强武器”而建立的两大组织，以开发最强兵器为目的的导示重工，和通过操控遗传因子来制造优秀人类的NSWF。他们的共同目的只有一个，就是得到那个拥有着最强威力、并且只有通过被选中的女人才能操纵的终极武器“WITCHBLADE”。地震灾害的6年之后……天羽雅音、梨穂子 ，两人幸福的生活着，但是，等待着她们的却是，WITCHBLADE那暗之力的召唤，以及异常残酷的命运……
三位超能小女警拥有无与伦比的超级力量，她们在睡前打击犯罪，用自己的“女孩力量”守护家园和身边的小镇居民们。
风浩完成了三年前的约定，打败了韵影，名声大噪。但危机还在靠近，暗影魔教伺机而动，...
吊儿郎当的咸鱼哥，依旧在鱼神岛上享受着平凡且快乐的日常生活。而来自南天门集团的神仙们，为了调查失窃的神牌位，打破了小岛原本的平静。
