随着和平的到来而走向近代化的木叶忍者村。高楼林立，巨大显示屏中播放出影像，连结各区域的电车在村里奔驰。虽说是忍者村，但一般民众也增多，忍者的生存方式也在逐渐改变的这个时代——村子的领袖，第七代火影·漩涡鸣人的儿子慕留人，进入了培育忍者的学校“忍者学校”。周围的学生们带着“火影的儿子”这样偏见的目光看待慕留人，但慕留人凭借天生的破天荒性格将这种小事轻松越过！慕留人与新的伙伴相遇，他将如何挑战突然发生的神秘事件？在众人心中如疾风般狂奔的“漩涡慕留人”的物语，现在开始！！
故事发生在私立朱雀高校之中，山田龙（逢坂良太 配音）是校园中有名的不良少年，同学老师们看见他恨不得绕着道走，而山田龙本人亦对无聊束缚的校园生活深恶痛绝。某日，一场意外竟然让他和优等生白石丽（早见沙织 配音）互换了身体，因而得知了白石丽隐藏在内心里的秘密，并在同级生宫村虎之介（增田俊树 配音）的唆使之下加入了超自然研究部。同为部员的还有对超自然事件超级着迷的伊藤雅（内田真礼 配音）和不良少年椿剑太郎（佐佐木寿治 配音）。几人受腹黑的学生会会长山崎春马（福山润 配音）之命调查校园中存在魔女的事件，就此打开了新世界的大门。
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