随着和平的到来而走向近代化的木叶忍者村。高楼林立，巨大显示屏中播放出影像，连结各区域的电车在村里奔驰。虽说是忍者村，但一般民众也增多，忍者的生存方式也在逐渐改变的这个时代——村子的领袖，第七代火影·漩涡鸣人的儿子慕留人，进入了培育忍者的学校“忍者学校”。周围的学生们带着“火影的儿子”这样偏见的目光看待慕留人，但慕留人凭借天生的破天荒性格将这种小事轻松越过！慕留人与新的伙伴相遇，他将如何挑战突然发生的神秘事件？在众人心中如疾风般狂奔的“漩涡慕留人”的物语，现在开始！！
故事发生在一个惟权力与力量至上的江湖中，讲述了多年前，中州的宗帅、北地的完颜藏和南疆的文太极三人争霸天下，因各家损失惨重，便立下二十年休战盟约。眼下二十年之约将至，一轮新的征伐正在暗潮涌动。三家互相猜忌仇视，各自立下“追血令” ，将敌对家族最重要的人物列于名单之上，发誓杀尽对方所有高手，一场惊心动魄的天下大战就此拉开了帷幕！
影子特工再度来袭！宝石族精灵竟然成了关键所在！东方桃子与伙伴们一边为救治师父森木宇冲击仙蜜试炼赛冠军，一边暗中追查潜伏在参赛者中的卧底，可她并不知道，一个为她量身打造的致命陷阱已在前方静静等候，而这一切竟然牵扯着千年前黑星卡师的秘密。
