随着和平的到来而走向近代化的木叶忍者村。高楼林立，巨大显示屏中播放出影像，连结各区域的电车在村里奔驰。虽说是忍者村，但一般民众也增多，忍者的生存方式也在逐渐改变的这个时代——村子的领袖，第七代火影·漩涡鸣人的儿子慕留人，进入了培育忍者的学校“忍者学校”。周围的学生们带着“火影的儿子”这样偏见的目光看待慕留人，但慕留人凭借天生的破天荒性格将这种小事轻松越过！慕留人与新的伙伴相遇，他将如何挑战突然发生的神秘事件？在众人心中如疾风般狂奔的“漩涡慕留人”的物语，现在开始！！
凡人少年陆长庚，为救病重母亲，以凡人之躯苦役三年，只求一颗救命仙丹。机缘巧合下，他因诚实通过河神考验，获得一把能劈开空间、连通仙府的上古仙斧。凭借仙斧与五行杂灵根的废物资质，他在绝境中逆天改命，踏上修仙路。为求得母亲解药，他被迫卷入太微门四大长老与前代掌门遗留的血仇漩涡，成为所有人博弈的棋子。身处死局，他一边藏拙周旋于各方势力之间，一边与同样心怀死志的疯癫护法莫老结下亦师亦友的羁绊。最终，他在死局中破局，拿到解药全身而退，带着故人的嘱托与信念，真正踏上了那条属于自己的仙途。
本作主人公冈部伦太郎（宫野真守 配音）是个患有严重中二病的大学生，自称为“凤凰院凶真”的他和伙伴们组成了“未来发明研究所”，在位于秋叶原的一个简陋实验室内进行各种古怪发明和调查。
