随着和平的到来而走向近代化的木叶忍者村。高楼林立，巨大显示屏中播放出影像，连结各区域的电车在村里奔驰。虽说是忍者村，但一般民众也增多，忍者的生存方式也在逐渐改变的这个时代——村子的领袖，第七代火影·漩涡鸣人的儿子慕留人，进入了培育忍者的学校“忍者学校”。周围的学生们带着“火影的儿子”这样偏见的目光看待慕留人，但慕留人凭借天生的破天荒性格将这种小事轻松越过！慕留人与新的伙伴相遇，他将如何挑战突然发生的神秘事件？在众人心中如疾风般狂奔的“漩涡慕留人”的物语，现在开始！！
这一次也带来了新的主题与新的恐怖演出，充满了令人脊背发凉的故事。负责演唱片尾主题曲的二人歌谣组合“风轮”也会以声优的身份参加，成为本季的一大亮点。
大一新生袁君瑭为了接近一直暗恋的学姐朱茱报考了闵松大学，在学校里意外认识了休学的前偶像兼学姐李诗娅后，在李诗娅的主动接近下两人成为朋友，并和朱茱一起组成了好友三人组。朱茱明明察觉了袁君瑭对自己的爱慕之情，但是却始终没有勇气答应，并避免一切和他暖昧的接触，保持着朋友的距离。
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