随着和平的到来而走向近代化的木叶忍者村。高楼林立，巨大显示屏中播放出影像，连结各区域的电车在村里奔驰。虽说是忍者村，但一般民众也增多，忍者的生存方式也在逐渐改变的这个时代——村子的领袖，第七代火影·漩涡鸣人的儿子慕留人，进入了培育忍者的学校“忍者学校”。周围的学生们带着“火影的儿子”这样偏见的目光看待慕留人，但慕留人凭借天生的破天荒性格将这种小事轻松越过！慕留人与新的伙伴相遇，他将如何挑战突然发生的神秘事件？在众人心中如疾风般狂奔的“漩涡慕留人”的物语，现在开始！！
所谓的“除妖”，即是把由于某些缘由而从原本应在的“隐世”来到“现世”停留的妖怪们送回“隐世”这一工作。某天，被妖怪附体的高中生·芦屋花绘，依靠偶然发现的联络方式，来到了专门除妖的物怪庵，在那里的是一脸不高兴的店主安倍晴斋。由于某些缘故，芦屋就这样以物怪庵奉公人的身份开始工作……安倍与芦屋的除妖组合和妖怪们的物语就此开幕。
自称宇宙第一天才科学家的达撒恩博士将来自宇宙不同星球的四名青年米娅、罗伦、佩和兰巴改造成为了拥有超能力的最强战士，并准备将他们卖给宇宙海盗巴卡集团。然而四人中的米娅·艾莉斯却恢复了失去记忆，受她的影响，其他三人也先后恢复了记忆。由于厌恶巴卡的所作所为，四人驾驶达撒恩博士开发的最强机器人弹劾凰逃离了巴卡集团首领卡里莫斯大船长的魔掌。之后四人为了逃避巴卡集团的追击而在宇宙中四处漂泊……
