随着和平的到来而走向近代化的木叶忍者村。高楼林立，巨大显示屏中播放出影像，连结各区域的电车在村里奔驰。虽说是忍者村，但一般民众也增多，忍者的生存方式也在逐渐改变的这个时代——村子的领袖，第七代火影·漩涡鸣人的儿子慕留人，进入了培育忍者的学校“忍者学校”。周围的学生们带着“火影的儿子”这样偏见的目光看待慕留人，但慕留人凭借天生的破天荒性格将这种小事轻松越过！慕留人与新的伙伴相遇，他将如何挑战突然发生的神秘事件？在众人心中如疾风般狂奔的“漩涡慕留人”的物语，现在开始！！
一名 15 岁的男孩拥有利用纳米机器人从体内制造机器的能力，他被政府招募来阻止利用相同科学创造的其他生物。
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当冰冷的子弹穿透胸膛，卧底警察最后看到的，是组织首领那张带着嘲讽的脸 —— 他潜伏三年，却因身份暴露，最终死在亲手收集的证据被毁的前一刻。带着未能将犯罪集团连根拔起的遗憾，陆沉闭上了眼睛，可再次睁眼时，刺眼的阳光与熟悉的出租屋让他猛然惊醒：他竟重生回到了三年前，正是自己刚接受卧底任务，准备潜入 “暗鸦” 组织的那一天。
自从透住在紫雨家已经快有一年了。他不仅与雪和京加深了友谊，而且与草摩家族的每个人都加深了友谊，但他仍然对可怕的“诅咒”的本质感到疑惑。面对着必须遵循的道路、既定的命运以及面前永无止境的十二生肖盛宴，雪、京和透会想什么，又会决定做什么呢？
