人类殖民星球遭到外星人库克托尼亚人的袭击，守护驻军被消灭，留下 13 名儿童。故事讲述他们乘坐地球军事训练舰“Janus”号，与使用名为“Roundburnians”的人形武器的外星人作战，以拯救被外星人俘虏的家人和朋友。故事根据儒勒·凡尔纳的小说《两年假期》（男生称之为“两年假期”）改编。宇宙版《少年的假期》的构思是在《机动战士高达》的企划过程中产生的，但随着《高达》走向了不同的方向，本作是以此为主题的新动画，因此富野由悠季的名字被冠以“原作作者”之名。
讲述了三个可爱又有各种小缺点的孩子为救父母，在故事奶奶的教导下，克服困难，打败了波波头的邪恶力量，净化了受污染的桃源仙境。最后，不仅救回了父母，自己也逐渐成长为有道德、负责任的美德少年。
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在阳光森林幼儿园里，小朋友们每当遇到困难，他们心中的大英雄——百变校巴，就会变身成为警车、消防车、救护车、救援艇、潜水艇和飞机立刻赶到，利用渊博的知识和各种有趣的道具化解危机，守护小朋友的安全，解答小朋友的疑问，并且他和蔼可亲，是小朋友们的良师益友，平常帮助小朋友了解自己的情绪，学会处理社交问题。 本片用童真童趣的方式为小朋友排忧解难，同时与小朋友建立深厚的友情。在《百变校巴》第四季中，百变校巴将继续伴随小朋友经历成长，深入探索情感认知的知识，让小朋友认识自己的情绪，学会与人沟通，从而学习到更多的知识！
现在，再一次去往广大的蓝天——。憧憬天空、以星之岛为目标的少年，与从天而降、不可思议的蓝发少女，两人成为了命运与生命的共同体。向天空出发的少年与少女，与值得信赖的同伴和前往目的地的骑空艇相逢。经由躲避帝国的追击，以及与星晶兽的邂逅，两人加深了牵绊并逐渐成长。但前往星之岛的路程还只过了一半。少年与少女和同伴一起，向着接下来的旅程进发。
风浩完成了三年前的约定，打败了韵影，名声大噪。但危机还在靠近，暗影魔教伺机而动，...
