人类殖民星球遭到外星人库克托尼亚人的袭击，守护驻军被消灭，留下 13 名儿童。故事讲述他们乘坐地球军事训练舰“Janus”号，与使用名为“Roundburnians”的人形武器的外星人作战，以拯救被外星人俘虏的家人和朋友。故事根据儒勒·凡尔纳的小说《两年假期》（男生称之为“两年假期”）改编。宇宙版《少年的假期》的构思是在《机动战士高达》的企划过程中产生的，但随着《高达》走向了不同的方向，本作是以此为主题的新动画，因此富野由悠季的名字被冠以“原作作者”之名。
故事围绕三星堆文明的千古谜团展开，在拥有无数种猜测的基础上，引出一段关于失落文明的有趣故事。剧中男主角聪明好奇，在参观三星堆博物馆的活动中，意外唤醒了一位神奇的仿生机器人盖奇,也因此卷入了一场光怪陆离的冒险之旅。他们遭遇了远古怪物们的袭击，得到神奇的“三星堆符文”，并汇合了新的伙伴，追寻隐藏在符文中的秘密。他们经历了各种事件，收集到“金、木、水、火、土、光、暗”七枚符文，提升了自己的能力，并与怪物团体、黑衣人、梅翰东等各方势力交手、合作，最终阻止了背后黑手梅翰东的阴谋，找到了三星堆文明的秘密。全片展现了三星堆文明的神秘与博大，描述了少年们相互帮助、团结协作，利用智慧探索未知的过程，引人入胜。
乔纳森·乔斯达与DIO决战后的一百年，DIO复活了。同时，乔瑟夫的孙子，空条承太郎发现自己有幽波纹（替身）能力，DIO的复活影响了没有替身抵抗能力的母亲，陷入病危情况；为了拯救命在旦夕的母亲，承太郎与乔瑟夫出发前往DIO的所在地——埃及。
魔族最强魔尊的无用，因为身上的一半人族血脉遭到背叛暗算，神识与天道互相感应，得到外挂“太初神魂”。 一路杀妖诛魔，一统五族，向上位仙族发起逆天之战，创造第七种族“神族”。我即六界主宰，我即神天至尊！
特别喜欢游戏和金平糖的高中生白柳启，有一天，被一个自称是魅音的神秘女子卷入了战场。 魅音对聚集起来的人们说：“你们已经没有户籍了。” “请成为实验观测器吧。”在场的每人都被给予了特殊的能力参加各种项目。 下定决心要摧毁这一组织的启，以谁都无法预料的能力和罕见的“脑”能力为武器，新时代的头脑派能力战斗开始。
