人类殖民星球遭到外星人库克托尼亚人的袭击，守护驻军被消灭，留下 13 名儿童。故事讲述他们乘坐地球军事训练舰“Janus”号，与使用名为“Roundburnians”的人形武器的外星人作战，以拯救被外星人俘虏的家人和朋友。故事根据儒勒·凡尔纳的小说《两年假期》（男生称之为“两年假期”）改编。宇宙版《少年的假期》的构思是在《机动战士高达》的企划过程中产生的，但随着《高达》走向了不同的方向，本作是以此为主题的新动画，因此富野由悠季的名字被冠以“原作作者”之名。
该片延续哈小浪和伙伴们的校园求学时光，在各科老师的悉心陪伴下，他们穿梭于缤纷的校园日常，书写出一段段温暖有趣的校园故事。
人类的世界惊现原始恐龙，阿莱达星兽基地被恐龙凶兽龙始祖入侵等一桩桩怪事为何发生？答案竟和龙源纪的一道镇守令——龙的密令遗失相关！斗龙战士们将如何对抗这股来路不明的黑暗力量？他们将会面对怎样的重重磨难？人类世界能否回归和平？带着这一系列的疑问，斗龙战士们，开启新的旅程吧！
