人类殖民星球遭到外星人库克托尼亚人的袭击，守护驻军被消灭，留下 13 名儿童。故事讲述他们乘坐地球军事训练舰“Janus”号，与使用名为“Roundburnians”的人形武器的外星人作战，以拯救被外星人俘虏的家人和朋友。故事根据儒勒·凡尔纳的小说《两年假期》（男生称之为“两年假期”）改编。宇宙版《少年的假期》的构思是在《机动战士高达》的企划过程中产生的，但随着《高达》走向了不同的方向，本作是以此为主题的新动画，因此富野由悠季的名字被冠以“原作作者”之名。
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故事发生在私立朱雀高校之中，山田龙（逢坂良太 配音）是校园中有名的不良少年，同学老师们看见他恨不得绕着道走，而山田龙本人亦对无聊束缚的校园生活深恶痛绝。某日，一场意外竟然让他和优等生白石丽（早见沙织 配音）互换了身体，因而得知了白石丽隐藏在内心里的秘密，并在同级生宫村虎之介（增田俊树 配音）的唆使之下加入了超自然研究部。同为部员的还有对超自然事件超级着迷的伊藤雅（内田真礼 配音）和不良少年椿剑太郎（佐佐木寿治 配音）。几人受腹黑的学生会会长山崎春马（福山润 配音）之命调查校园中存在魔女的事件，就此打开了新世界的大门。
风家大少风浩，明明出身不凡却偏偏无法修炼，被众人唾弃为废材。他不信命，决心走上充...
凌小多因为意外变成为了一本古言书中恶毒女配弦浅朵，为了改变原书女配的悲惨结局，凌小多表面假扮清冷千金大小姐，接管家族生意，在一次私下外出时意外救下被恶犬围攻的美少年，原本心性冷硬的他被凌小多的奇思妙想和可爱的性格所吸引，两人为了不被彼此发现真实身份引出了不少笑料，也携手渡过了多次危机，逐渐被彼此有趣的灵魂吸引。
住在青森的泽村雪从小听着外公松吾郎的津轻三味线长大，自己也弹得一手好琴，不过，却被外公说那只是在模仿他。
一个是外表开朗内心敏感的作家，一个是外表稳重内心狂热的杂志社编辑，再度重逢的两人终于从过去的那场阴霾中走出来，有情人终成眷属。但生活并没有就此平静，从青春走向成熟，从校园走入职场，生活与感情中仍然会不断遇到一些新的问题，不善沟通的两人在面对与处理这些问题的过程中渐渐成长，真正走进彼此内心。
