人类殖民星球遭到外星人库克托尼亚人的袭击，守护驻军被消灭，留下 13 名儿童。故事讲述他们乘坐地球军事训练舰“Janus”号，与使用名为“Roundburnians”的人形武器的外星人作战，以拯救被外星人俘虏的家人和朋友。故事根据儒勒·凡尔纳的小说《两年假期》（男生称之为“两年假期”）改编。宇宙版《少年的假期》的构思是在《机动战士高达》的企划过程中产生的，但随着《高达》走向了不同的方向，本作是以此为主题的新动画，因此富野由悠季的名字被冠以“原作作者”之名。
神秘的外太空，出现了全新外星大反派！智羊羊与丽羊羊再次出现，喜羊羊妹妹首度亮相？全新的角色、发明、剧情，羊羊们这次该如何化解危机？
19世纪英国——名门贵族凡多姆海威家的管家塞巴斯蒂安·米卡利斯和13岁的主人夏尔·凡多姆海威一起以“女王的看门狗”的身分负责地下社会的肮脏工作。受女王之命，塞巴斯蒂安和夏尔前往德国调查不可思议的死亡事件。寻找真相的两人进到只要踏入就会被诅咒致死的“人狼之森”，可怕的诅咒从天而降……
羊狼们陪同力将军、皓月去到灵熙国，参观传说中能让人奇力大增的麒麟鼎。没想到意外突发，喜羊羊被卷入一场案件之中，危在旦夕。为了拯救喜羊羊，羊狼们游走在灵熙国各大势力中寻求方法。一路上，羊狼们不仅结识了各大势力里性格各异的新伙伴，获得新的奇力武器升级了奇力，还见识了灵熙国不同门派的风俗习惯，经历了许许多多的人情冷暖。最终，在小羊们的努力之下，终于成功拯救喜羊羊。而万万没想到，喜羊羊遭遇的种种磨难，竟然是一个惊天阴谋……
五位地球青少年——基思、兰斯、汉克、皮吉和希罗——在星际战争中成为银河系的最后一道防线，对抗由扎孔王领导的邪恶外星势力。
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