《神探狄仁杰3》分为《凉州案-黑衣社》和《邗沟案-漕渠魅影》两个惊险绝伦、触目惊心的故事组成。故事承接第二部，狄仁杰（梁冠华饰）自连破幽州、并州、蛇灵、江州等一系列大案后，几经恳请，终于得武皇（吕中饰）允准回老家并州修养。然而就像护卫李元芳（张子健饰）所言，这看似颐养天年的平静中却蕴藏着更大的杀机与阴谋。
在中国经济大潮风起云涌之时，两个情同手足的异姓兄弟马德庆和张文昊的人生也进入了拐点。身为刑警队长的哥哥马德庆被调往了刚成立的经侦大队，顿觉英雄无用武之地，更令他懊恼的是弟弟张文昊一意孤行，放弃公职投入商海，接二连三惹出事端。张文昊生意赔了，他以同样的骗术嫁祸于下家得以翻盘，但受害方却因此自杀，张文昊的精心设计使他逃脱了法律的惩罚，马德庆此时也意识到经侦工作任重道远。此后经年，两兄弟一个成为了热衷慈善的商界大腭，一个成为了经侦队伍的领头羊。然而原罪的阴影却一直让兄弟二人处于情与法的纠葛与较量中。马德庆始终用自己的方法帮助和警醒着弟弟不要触及法律边线，但对噩梦的回避和对欲望的追逐，最终使张文昊毁了身边人，也毁了哥哥的家庭幸福。当一切尘埃落定，张文昊在马德庆的陪伴下终于走向了赎罪之门。
一个丧失部分记忆的平凡都市女，遇见多金又帅气的体贴的总裁，从以为自己遇到杀猪盘，到全身心投入，毅然辞职跟他到另一个城市生活，住进大别墅过上了梦想中的童话日子。直到有一天，她醒来走到镜子前，发现里面站着的俨然是另一张脸，而自己所有的身份证明也突然变成了镜中的“她”。在这个陌生的城市中，她再也无法证明自己的原来的身份，她在别墅中发现了一个实验室，实验室中，竟然在进进行与人类有关的实验⋯⋯她该如何找到真相？而真相的背后又隐藏着什么秘密？
身患罕见疾病的“楚门少女”蔡小爱，遇到身世悲惨却坚毅的女生具恩兆，温柔贴心的学长宋灿河，古灵精怪的陆浩宇，四人在经历一系列的困难中不断成长，关键时刻一起帮助蔡小爱戳破坏人背后的谎言，更是在众人的努力下让蔡小爱重获健康，最后四人为了各自的人生闪闪发光。
戏精少女李初月意外进入了江湖第一庄“云蔚山庄”，被少庄主安景昭误认为刺客，险些命丧黄泉，危机关头凭借社畜本能逃脱，却又被迫配合安景昭假扮未婚夫妻掩人耳目。苦中作乐，李初月逐渐在山庄混得如鱼得水，虽然对腹黑少庄主避而远之，却意外“美救英雄”，安景昭动心，但追妻之路漫漫，不仅有情敌在旁，还有危机亟待解决，两人在携手应对山庄危机中渐生情愫，而幕后黑手逐渐浮出水面……
上元佳节，宁远公主在夜宴上离奇身亡，内谒局李佩仪（白鹿 饰）和太史局太史丞萧怀瑾（王星越 饰）奉命调查。李佩仪武力顶尖又善洞悉人心，面冷心善一心索骥真相，查案对她来说不只是探究真相，更是与凶手的智斗和较量。在和思维缜密萧怀瑾的默契配合下，抽丝剥茧，通过跋扈的权贵之女和身负秘密的金吾卫羽林郎将，最终探明真相找出真凶。随后一系列错综复杂的发生在大唐内廷中的宫闱秘史、诡异奇案接踵而至：“壁上花”、“血色天资”、“吉时秘闻”、“七星错”等一桩桩牵扯出后宫各类女子命运的案件中，李萧二人探索大唐奇景，感受人间奇情，并在破案过程中，逐渐查清了十五年前李家灭门案背后的真相，最终揭露出幕后黑手的阴谋。李佩仪不仅为父亲洗脱冤屈，还在追寻真相的过程中，收获了并肩作伴的伙伴，得到了救赎。
钟大海是铭德篮球队的队长，一直在准备高校联赛的他，竟然在一夜之间变成了女生。医生答应帮助钟大海找到重新变回男儿之身的方法，但是在此之前，钟大海必须隐藏自己的真实身份，以钟言心（潘玥同 饰）的名字作为转校生在学校里生活下去。一下子失去了队长，篮球队濒临解散的边缘，钟言心求助于同校的青梅竹马陆星齐（王钧浩 饰），哪知道却连连遭到陆星齐的戏弄。最终，陆星齐答应钟言心帮助球队重振雄风，但是以此作为交换，钟言心必须成为拉拉队员。就这样，钟言心穿上了拉拉队服，哪知道却意外的绽放出了耀眼的光芒，与此同时，在和陆星齐交往过程中，钟言心发现自己竟然逐渐的对自己往日的好兄弟产生了别样的感情。
京城突现夺心狂魔，频频作案杀人而后夺走心脏，杨宇轩奉命捉拿凶手，期间为保护朱一品不幸葬身火海。朱一品悲痛万分，发誓要为杨宇轩报仇。皇帝突发恶疾，面向全社会寻找神医，朱一品怀疑夺心狂魔就隐藏在宫闱之中，毅然揭下皇榜入宫。经过一番艰苦调查，朱一品发现太医郑载农就是夺心狂魔，可惜最终被他趁乱逃跑。朱一品在寻找郑载农的过程中发现了宁亲王意图谋反的狼子野心，为此他与医馆同僚们几次三番被卷入凶恶险境，但都凭借默契的合作和日益进步的推理能力一次次成功破案，同时也将宁亲王的阴谋一点点揭露。最终，他们深入敌穴，再一次成功阻止了宁亲王的谋反行动，守护住了国家的太平。
洪乐瑥（金裕贞 饰）女扮男装化名洪三郎，靠着替人撰写情书牵线搭桥维持生计。某日，一个偶然的失误令洪乐瑥惹上了一大堆的麻烦，不仅欠下巨额债务，还身处于危险之中，与此同时，洪乐瑥结识了名为李韺（朴宝剑 饰）的书生，话不投机的两人之间因为种种误会而产生了诸多矛盾。机遇巧合之下，洪乐瑥入宫成为了內侍，可是，让她没有想到的是，她竟然在宫中和李韺重逢了，原来，此人的真实身份竟然是高贵的王世子，而李韺为了替妹妹讨一口气，遂决定将洪乐瑥留在身边，想好好作弄作弄她。随着时间的推移，洪乐瑥和李韺患难与共，彼此之间竟然生成了真挚的感情，李韺再也无法无视内心里的悸动，而此时的他还并不知和自己朝夕相处的洪乐瑥，竟然是女儿身。
剧集聚焦于北京胡同里一个普通的四合院，三组平凡家庭的温暖日常，以三位少年的青春成长，懵懂情愫为故事主线，在青春底色之上，描摹生活烟火气与成长中的喜怒哀乐，折射出时代发展的脉动。一个四合院，三位少年、三组家庭，讲述了谢乔、秦川、何筱舟三位少年初高中时代共同成长的故事。以发小友情、学习压力、热血竞技、真挚情谊、青春叛逆、家庭冲突这些专属青春的符号奏响一曲少年们的交响乐。
