《神探狄仁杰3》分为《凉州案-黑衣社》和《邗沟案-漕渠魅影》两个惊险绝伦、触目惊心的故事组成。故事承接第二部，狄仁杰（梁冠华饰）自连破幽州、并州、蛇灵、江州等一系列大案后，几经恳请，终于得武皇（吕中饰）允准回老家并州修养。然而就像护卫李元芳（张子健饰）所言，这看似颐养天年的平静中却蕴藏着更大的杀机与阴谋。
冒牌千金苏夏陌，为找回弟弟来到茫北却遭追杀。而追查哥哥死因的戚川，因为夏陌与自己哥哥之死有关联，将其救下，两人误打误撞在当地长老见证下成了婚。
故事发生在1805年，皮埃尔伯爵（保罗·达诺 Paul Dano 饰）和千金小姐海伦（塔彭丝·米德尔顿 Tuppence Middleton 饰）结为夫妻，然而两人却并非情投意合，因此婚后生活并不十分幸福。安德烈（詹姆斯·诺顿 James Norton 饰）是皮埃尔的好友，一次偶然中，他邂逅了名为娜塔莎（莉莉·詹姆斯 Lily James 饰）的美丽贵族小姐，两人一见钟情，很快便走到了一起。
这个夏天，美丽的毒妈Nancy Botwin（玛丽·露易斯·帕克 Mary-Louise Parker 饰）再次回归。可运气不太好的Nancy总是游走在危险的边缘。好不容易在墨西哥海滨小城站稳脚跟开始重振事业。但Nancy这生意真是不好做，一边有警察苦苦相逼，一边又是建立了恋爱关系的黑道市长对她的怀疑。最糟的是，帮警察做卧底的事实被市长知道了。最后被逼无奈，说出了自己怀了他的骨肉。一心想杀她的市长实在希望有个孩子，所以这个未出世的孩子能否救Nancy一命?警探将会使出什么手段逼Nancy说出幕后主使?两个麻烦不断的儿子又会给Nancy带来什么麻烦吗？
一个是工于心计的霸道女总裁，一个是温柔内敛的年下小奶狗。因一场阴差阳错的相亲达成约定，二人一路携手同行，开启了啼笑皆非的婚姻生活。
观世音的前世慈航大士面对佛祖立下宏愿，转世人间度醒众生，点悟从善之道，使众生脱离苦海。正当慈航大士转世妙庄王国三公主妙善时，黑衣魔女（即魔鲤）亦翻卷乌云，包围祥云一起落入妙庄王的寝宫，言三公主乃妖魔附体，不除掉三公主江山难保的舆论蛊惑大臣百姓。宰相霍羽一心谋取王位，也以此为由逼迫国王将女婴投海......三公主得救后，黑衣魔女恶心不死，追至大香山以魔法对冒险救助并精心养育妙善的尹妈一家制造病伤事故威胁尹家夫妇。计不得逞，又将尹妙父女推下山崖，欲置妙善于死地。
故事讲述了唐末文宗年间宰相旺涯满门抄斩，两个死里逃生的姐妹多年后以不同身份相遇，并且帮助新帝李炎重振大唐的故事。本剧根据飞花中篇小说《剑器行》改编。
