《神探狄仁杰3》分为《凉州案-黑衣社》和《邗沟案-漕渠魅影》两个惊险绝伦、触目惊心的故事组成。故事承接第二部，狄仁杰（梁冠华饰）自连破幽州、并州、蛇灵、江州等一系列大案后，几经恳请，终于得武皇（吕中饰）允准回老家并州修养。然而就像护卫李元芳（张子健饰）所言，这看似颐养天年的平静中却蕴藏着更大的杀机与阴谋。
清末乱世， 留洋归来的贝勒爷崇利明（黄子韬 饰），邂逅了初到京城少年阿易，邀其加入特殊宫廷护卫组织：艳势番。清廷风云突变，崇利明与阿易集结七位热血青年重组艳势番，迎来新生。众人赴四川、奔上海、保和谈、斗洋人，以青年的热血对抗无边黑暗，他们面对动荡时代的艰难困阻，却始终不变爱国爱民之志，始终不减热血同行之心。最终，阿易寻找到了新的理想，崇利明亦与阿易联手，成为历史和平过渡的护航者，见证了新时代的来临。
该剧讲述的是大唐贞观年间，苏凤父子反唐，薛仁贵元帅奉命征剿却惨遭奸人所害，其子薛丁山请缨，以无敌之势夺得帅印，与母亲及妹妹出发西征的故事。
女主林岁岁意外穿越进已经崩坏剧情的《还珠格格》原著中，成了“反派阵营”皇后宫中的洒扫宫女。她发现自己想要逃离出去，只能将已发生偏离的原著剧情，修复完整。谁知半路杀出个慎刑司的侍卫和她纠缠不清，男主带来的蝴蝶效应引发了一连串意外。林岁岁将如何凭着对《还珠格格》原著的零碎记忆，拉着主角团维持原剧情发展下去。
明永乐年间，朱棣即位，励精图治数年，全国风调雨顺，可谓是难得的太平年代。平一姑（潘洁 饰）携子平常（孙耀威 饰）与浪子王九（李立群 饰）浪迹京城，靠平庸医术行骗赚钱。王九低劣医术夺走平常挚爱的肉身凡体，靠捕头相帮开设医馆，平常则做了其大弟子，并收日本人竹野幸福（罗志敏 饰）为徒。王九与房东盈不足（黄小燕 饰）日久生情，心中却始终挥不去亡妻芍药（张茜 饰）的身影。平常与农草堂（仼泉 饰）参加太医院考试，双双被录用，可平常仍怀念市井生活的逍遥自在。一姑被段天命（王群 饰）要挟，不敢与儿子草堂相认，原来平常是当年被人错抱的医神金农匮（王德顺 饰）之子......
理工科少女林洛景因为科技比赛，误入XR系统，穿越至游戏中的盛元王朝。想要回到现实世界，就必须找到真爱男主刷满其好感度方可离开游戏。在与霸道王爷钟无寐见招拆招的生活中，林洛景的贴身侍卫柳修文竟化身波斯王子重回盛京，誓要与钟无寐争雄。面对内忧外患的权谋之争和接二连三的考验与危险，“绝世千金林洛景”该如何出招？
主线围绕第一集大结局搬来的黑人主妇“贝蒂·爱波怀特”。她在地下室建了一个牢房，关了一个看似非常危险的人。后来知道这个人其实是她的大儿子，杀了二儿子的女友，贝蒂不想让儿子被抓，又怕他继续伤人，便把他关了起来。然而，真相并非如此……至于其他几名主角，苏珊麦克分分合合纠缠不清；伊蒂和卡尔好上了，而卡尔希望跟苏珊复合；布丽沉浸在丧夫之痛中无法自拔，还要面对变态药剂师的追求；勒奈特回去工作；盖比和卡洛斯的婚姻历经一系列波折走向破裂。
