《铁齿铜牙纪晓岚3》由“好女争锋”、“假作真来真亦假”、“江湖江湖”、“辨奸计”和“胭脂红”五个单元故事组成。故事由神秘的江南女子陆琳琅（张庭饰）的出现而变得一波不平一波又起。陆姑娘深受乾隆（张铁林饰）宠爱，暂住纪晓岚（张国立饰）府上。然而和珅（王刚饰）早知陆姑娘身世， 为斩草除根，多番设计陷害陆姑娘。幸得纪晓岚解救，并一洗陆家冤情。然而这三个老男人却都陷入了儿女情长的重重矛盾中，本不平静的京城更是风波不断。
少年云飞扬（徐少强 饰）的身世扑朔迷离，尽管与武当派掌门青松（张瑛 饰）有着特殊的关系，但他在武当派的地位却非常低微。后来，云飞扬得到了一位神秘黑衣人的秘密武功传承。青松与武林名将独孤无敌（杨泽霖 饰）多次交手，但都战败于对方手下，导致独孤无敌成为武林的霸主。与此同时，武当山上发生了一连串离奇的血案，都与云飞扬有关。最终，青松惨死，飞扬心情复杂，离开了武当山。当时，武林中流传着一种神奇的武功——天蚕诀，如果练者掌握不精，就会束缚自己，甚至丧失自身的武功。但如果能领悟其中的奥秘，并掌握变化之道，就可以将武功提升到化境，成为武林中地位最高的盟主。
1949年，中国以及这片土地上的人民迎来了最为关键的一年。共产党势如破竹，在三大战役上接连取得胜利，国民党方面则溃不成军，抓紧一切时间抢夺物资，撤离大陆。作为全国金融中心的上海，更成为各方势力争夺、搜刮的重点。时任国民政府中央银行秘书处处长的黄铭受命运送巨额黄金前往台湾，起身为地下党的儿子黄以轩（郭晓冬 饰）则试图策反父亲前往解放区，而以轩的姐夫孙世安（姜武 饰）——国民党上海情报站副站长在得知消息后百般阻拦，与黄氏父子展开连番明争暗斗。
该剧聚焦婚姻中女性的自我觉醒与成长，以及女性互助的力量，女性对自身处境的反思等热点议题。面对丈夫欺骗、出轨、背叛，在婚姻这座围城里，作为妻子的她该如何选择？
2004年宁夏某矿区小镇面临动迁，一具被焚烧的女尸出现在警局门前，死状和10年前当地发生的一起恶性未结案件极为相似，即将退休老刑警褚志强和因工作过失被下调到矿区刑侦队的张韬成为同事，合力侦破案件，在小镇动迁的同时也揭开了过往留下的悲剧真相 。
苏怡（胡杏儿 饰）患先天性心脏病，身为机师的丈夫亦琛（吴镇宇 饰）辞职后陪她到世界各地休养寻医，无奈病情逐渐加重，苏怡悄然离开了亦琛，她不愿心爱的人看见她死时的惨状。亦琛留在英国Manna（米雪 饰）处已两年之久，弟弟亦风（吴卓羲 饰）中间来过多次，他劝哥哥走出阴霾，投 入新的生活。亦琛痛定思痛决定重返工作岗位。亦琛加入到天颂航空skyIette，除了原先几张熟面孔，新同事中还有一流机师顾夏阳（张智霖 饰），由于见解相左，二人在工作中产生不少磨擦。夏晨（胡杏儿 饰）是名飞机修械员，由于长相酷似苏怡，亦琛把她当妹妹看待。而亦风对夏晨颇有好感，这令兄弟二人之间出现芥蒂......
怀揣梦想成为武警精锐部队一员的乔援朝从特警学院毕业来到猎豹突击队，但无情的现实粉碎了乔援朝的骄傲，入队考核过程中乔援朝发挥失常，他必须一切从头开始。在维修班长张岚的帮助下乔援朝熟悉了特战队员要涉及的专业，乔援朝振奋精神成为了什么都敢拆开研究的“好奇宝宝”。乔援朝的努力逐步得到了大队长凌峥嵘的认可，在教导员邱天的帮助下，乔援朝克服了恐水症，在国际龙舟赛中勇救落水人员。猎豹突击队担负了海外警卫任务，乔援朝和凌峥嵘并肩作战，不辱使命，张岚却在任务中壮烈牺牲。在国际反恐联合军演中，猎豹突击队以优异的成绩夺得冠军。凯旋之后，所有队员不约而同出现在了张岚家中，柜子上醒目地摆放着猎豹突击队参加武警部队特战比武的那张大合影。
