《铁齿铜牙纪晓岚3》由“好女争锋”、“假作真来真亦假”、“江湖江湖”、“辨奸计”和“胭脂红”五个单元故事组成。故事由神秘的江南女子陆琳琅（张庭饰）的出现而变得一波不平一波又起。陆姑娘深受乾隆（张铁林饰）宠爱，暂住纪晓岚（张国立饰）府上。然而和珅（王刚饰）早知陆姑娘身世， 为斩草除根，多番设计陷害陆姑娘。幸得纪晓岚解救，并一洗陆家冤情。然而这三个老男人却都陷入了儿女情长的重重矛盾中，本不平静的京城更是风波不断。
民国初年，南拳之王仇振荣与北腿泰斗杜英豪举行了一场擂台比武，十岁的小仇骏亲眼目睹了父亲仇振荣死在杜英豪的脚下，而杜英豪因此成为武术界盛传的大英雄。杜英豪其实是个重情义的人，仇振荣的死一直在他心中挥之不去。在看淡名利之后，他决定带着妻儿隐身于大上海的弄堂市井。十八年后，仇骏化名聂云找到了杜英豪。经历种种危险困难，仇骏逐渐对杜英豪都有了新的认识。仇骏终于发现其实害死父亲的凶手正是称霸上海滩的枭雄卢三雄，而他的胞弟仇震已成为卢三雄的得力帮手。卢三雄无所不用其极，对杜英豪、仇骏等人施行了一系列残忍的打击行为，他甚至还勾结日军特务头子宫本一郎。九一八事变之后，杜英豪与仇骏、仇震等人联手抗敌，消灭了卢三雄，打击日军侵华势力。
拜月教荼毒众生、为祸江湖，武林三大高手白帝、雪谷、血魔携手听雪楼楼主萧逝水对战拜月。拜月教主华莲与大祭司联手，用圣物护花铃，侵入血魔心神，令其杀妻自刎。血魔女儿舒靖容被白帝收入门下，与师兄青岚青羽、雪谷爱徒萧逝水之子萧忆情一起长大。师兄青岚和师父白帝的相继离世，令舒靖容发现自己是不详之身的预言，自责不已。舒靖容拿走父亲血魔留下的血薇剑加入听雪楼，与少楼主萧忆情携手剿灭霹雳堂，对抗不断作恶的拜月楼，维护百姓平安。 拜月教护法孤光被策反，帮助萧忆情解开萧逝水留下的无字之书，获知当年父母死因的萧忆情，立誓要为父母报仇。萧忆情和舒靖容联手，铲除了拜月教，还世人以太平江湖。萧舒二人终不离不弃，生死相许。
在常德花山脚下的渔樵村，有一口神奇的丝瓜井，传说中藏有一根能带来丰盈的金丝瓜，使得井水甘甜且常年不竭。这个井正好位于刘海家旁，然而，刘海的伯父刘振宾因贪图金丝瓜，心生歹念，想尽办法将刘海和他目盲的母亲赶出家门，霸占丝瓜井。为了达成阴险的目的，刘振宾甚至贡拜恶灵穷奇，没想到穷奇也盯上了金丝瓜。与此同时，住在花山的九只狐仙和金蟾因命运的安排被卷入这场纷争。九妹胡秀英与刘海在经历了重重误会和磨难后，彼此间的感情逐渐加深。最终，在共同对抗邪恶力量的过程中，刘海和胡秀英展现了无与伦比的勇气和智慧。他们战胜了刘振宾及穷奇的阴谋，保护了丝瓜井的秘密，并在胜利后结为眷侣，谱写出一段美好的爱情传奇。两人不仅收获了爱情，也为村庄带来了新的希望和安宁。
风华正茂的林拓（林一 饰）与安知雀（李兰迪 饰）相识于大三暑假实习期的一次招聘会，两人一见钟情，彼此加深了解后确定了恋情。毕业季来临，二人携手从象牙塔走向社会，一起兼职、应聘、规划未来。虽然人生之路开展得并不顺利，但在彼此的鼓励下逐步走上正轨。当一切看似顺风顺水时，林拓被确诊为肌萎缩侧索硬化，就是俗称的渐冻症。渐冻症终止了林拓看似平凡却充满希望的人生，生命虽然缩短，但林拓在家人、恋人、朋友、同事们温暖和爱的陪伴下，从试图放弃到与绝症共存，最终勇敢地向病魔发出挑战。林拓身边的人和病友们也受到他的鼓舞，重新审视对待生命的态度，学会珍惜当下，决定努力无悔、充满希望地过好每一天。
拥有倾城之姿的相国府大小姐沈沁不愿成为父亲维稳政局的工具，出嫁前夕用画师十七姐姐的下落哄骗十七强行进行换脸，换取一个全新的身份。十七一觉醒来发现自己变成了沈沁的脸，而她要替嫁的人正是自己多年前一见钟情的救命恩人萧寒声。
本剧以2016年轰动台湾的自动提款机吐钞盗领案件为背景，剧情将双线开展，一条故事线在新加坡，另一条故事线则在台北 分别发生在台湾和新加坡的两条故事线看似毫不相关，却又紧密结合。观众可以选择单看其中一条戏剧线，也可以串联着观看，在另一条戏剧线上得到如解谜般的补充和解释
