《铁齿铜牙纪晓岚3》由“好女争锋”、“假作真来真亦假”、“江湖江湖”、“辨奸计”和“胭脂红”五个单元故事组成。故事由神秘的江南女子陆琳琅（张庭饰）的出现而变得一波不平一波又起。陆姑娘深受乾隆（张铁林饰）宠爱，暂住纪晓岚（张国立饰）府上。然而和珅（王刚饰）早知陆姑娘身世， 为斩草除根，多番设计陷害陆姑娘。幸得纪晓岚解救，并一洗陆家冤情。然而这三个老男人却都陷入了儿女情长的重重矛盾中，本不平静的京城更是风波不断。
世代研究医术的神木族少年木星尘，救下误闯领地的医药世家之女叶云裳，为逃避皇族内斗而随她一起来到民国乱世，却遇上罕见瘟疫，木星尘凭借青囊术拯救了众生和本族，经历各类诱惑与爱情的考验，最终成为一代医尊，最后他放弃王位，和爱人叶云裳云游人间，济世众生。
不正之风蔓延的建筑公司监察室，通过冷静的原则主义者监察组长申河均和感情丰富的年轻人初步监察职员们的合作，恢复合理的故事。申河均饰演组长申次日，晋久饰演副社长黄泰雄。李正夏饰演监察室新人具韩秀，炙热的热情，这个时代的青年，直率又充满意气的角色。
天才检察官黄始木（曹承佑 饰）因为儿时脑部手术导致情感缺失，但却拥有超乎寻常的观察和推理能力。某天，他被卷入一起连环杀人案，但由于无法理解凶手的动机而陷入困境。此时，热血女警韩汝珍（裴斗娜 饰）加入案件调查，她坚信每一个细微的线索都隐藏着关键的秘密。两人在合作中，共同追查案件的真相，发现这起连环杀人案背后隐藏着更大的阴谋。随着案件的深入，他们发现凶手选择的目标都与一个神秘组织有关。在追查过程中，黄始木与韩汝珍逐渐产生了微妙的情感变化，与此同时他们还将面临最为严苛的考验……
