《铁齿铜牙纪晓岚3》由“好女争锋”、“假作真来真亦假”、“江湖江湖”、“辨奸计”和“胭脂红”五个单元故事组成。故事由神秘的江南女子陆琳琅（张庭饰）的出现而变得一波不平一波又起。陆姑娘深受乾隆（张铁林饰）宠爱，暂住纪晓岚（张国立饰）府上。然而和珅（王刚饰）早知陆姑娘身世， 为斩草除根，多番设计陷害陆姑娘。幸得纪晓岚解救，并一洗陆家冤情。然而这三个老男人却都陷入了儿女情长的重重矛盾中，本不平静的京城更是风波不断。
天之道，利而不害，人之道，为而不争，娘之道，哺而无求，养而无求，舍命而无求。这是一位身处乱世之中的母亲跌宕起伏的传奇一生！大河之畔，瑛子卖身葬父成了孝兴隆家的河姑，祭河死里逃生后，阴差阳错嫁给了隆家离家出走的二少爷继宗。当年的河姑突然成了二少奶奶，隆家怎肯相认？因腹中怀着隆家的孩子才得以入门，她为隆家的二少爷隆继宗先后生下了四个孩子，可命运多舛，继宗被奸人所害，瑛娘的四个孩子又相继丢失。失去了所有孩子的她也失去了活下去的希望，她欲投河时被神秘人所救，她收养了神秘人的孩子，取名五儿。从此，瑛娘便带着五儿开始了寻子之路，这一找就是十余年。
炎帝（郝一平 饰）在取得灭魔之战胜利时，遭伏魔突然袭击，被压在镇魔石下。伏魔天神义和（张天舒 饰）盗得炎帝日光神镜，杀死刑天（吴奇隆 饰）击伤夸父（温海波 饰），受伤的夸父救走刑天的儿子后羿（李解 饰），逃往北极冥海之下。刑天死前神力已凝在后羿体內，将来只有后羿能战胜义和。义和欺骗众神说炎帝乃被刑天压在炎谷中，将有千年之劫。偷梁换柱的义和成为神界天帝，但对逃走的夸父和后羿一直心存恐惧。他隐瞒內心罪恶，表面上对炎帝女儿精卫（舒畅 饰）疼爱有加，风神西王母（贾娅 饰）怕精卫横遭不测，一直将她带在滛池。千年之后，后羿成为神射手，精卫也辩明了真正的敌我，她决定联手后羿去打共同的敌人义和......
圣灵族青女商幼（钟丽丽 饰）在大婚前夕意外救下冥族的冥王司渊（管栎 饰），却不想新婚当日全族被灭。为了复活族人，商幼伪装成鹿妖梦狸来到冥族夺取冥王的琥珀心，在相处中商幼竟爱上了自己的仇人，但为了复活族人商幼还是选择挖出司渊的心，最终却发现仇人另有其人……
潘彬彬（陈浩民 饰）和秦芳（佘诗曼 饰）是艺术学院的同学，两人成长于完全不同的家庭之中。两人相遇、相知，并且最终双双坠入了情网中。两人不知道的是，他们彼此的父母曾是恋人。父母反对他们的爱情，只有秦芳的好友钱姗姗（薛佳凝 饰）支持他们。经历了重重考验后，潘彬彬和秦芳决定私奔，两人来到一个陌生的城市开始新的生活。然而，生活的艰辛不断冲击着他们，使他们身心疲惫。最终，潘彬彬受不了这种苦难，沦为了无业游民。潘彬彬并不知道的是，此时的秦芳已怀上了他们的孩子。
李萍（梅婷 饰）是一名烟厂的女工，怀揣着对爱情的幻想，她将一张字条偷偷藏在了烟盒之中，正是这张字条让一个名叫吴天亮（王志文 饰）的男人走进了李萍的生活。顺理成章地，李萍和吴天亮结婚了，可是，婚后的生活却并不如李萍所想象的那样美好，倒是吴天亮的部下王小毛（佟大为 饰）和李萍十分投缘。终于，李萍向吴天亮提出了离婚，之后，她名正言顺的和王小毛走到了一起，两人育有一女，生活很是幸福美满。好景不长，在一次见义勇为中，王小毛英勇牺牲了，巧的是，吴天亮也刚刚失去了他再婚的妻子，就这样，李萍和吴天亮再次相遇了，会有怎样的故事发生在两人之间呢？
