《铁齿铜牙纪晓岚3》由“好女争锋”、“假作真来真亦假”、“江湖江湖”、“辨奸计”和“胭脂红”五个单元故事组成。故事由神秘的江南女子陆琳琅（张庭饰）的出现而变得一波不平一波又起。陆姑娘深受乾隆（张铁林饰）宠爱，暂住纪晓岚（张国立饰）府上。然而和珅（王刚饰）早知陆姑娘身世， 为斩草除根，多番设计陷害陆姑娘。幸得纪晓岚解救，并一洗陆家冤情。然而这三个老男人却都陷入了儿女情长的重重矛盾中，本不平静的京城更是风波不断。
1898年，晚清中国，戊戌变法失败“六君子”被捕。霍元甲得到消息后如晴天霹雳。深受“六君子”爱国热忱感染的霍元甲，欲拼尽全力和江湖传奇“大刀王五”一起营救谭嗣同，却不想遭到谭嗣同拒绝。与谭嗣同在狱中的最后一别，让霍元甲深受谭嗣同大同思想的影响，开始萌生家国情怀，想要投身到历史洪流之中。 理解了谭嗣同欲以鲜血警醒世人的凛然，霍元甲虽心痛不已，却也只能眼睁睁看着英雄殉国，并因谭嗣同之死而被义兄大刀王五误会，遭遇割袍断义。 随后不久，大刀王五被奸人所害身首异处。霍元甲得知消息连夜去为义兄收尸，虽然让王五留存全尸，却给霍家引来大祸，致使霍氏男丁尽死。一年后，隐居沧州的霍元甲出山走镖，却不想又陷入仇家圈套之中，费尽千辛万苦，虽然洗脱干系，却让他心灰意冷，他由此决定南下上海。霍元甲的精武门很快就在上海立住了脚跟，霍元甲的名气也越来越大。这让已经将侵华列为国策的日本人十分不满，面对日本人的挑衅，霍元甲带病上阵，在与日本人的最后较量中斗智斗勇，最终凭借过人的胆识挫败了日本人的阴谋。
