《狐妖小红娘》的故事围绕人与妖之间的爱情展开。根据古典小说记载，世上有人有妖，妖会与人相恋，妖寿命千万年，人的寿命有限，人死了，妖活着。人会投胎转世，但投胎以后，不记得上辈子的爱。妖如果痴情的话，就去找狐妖“购买”一项服务，让投胎转世的人，回忆起前世的爱。狐妖红娘这一个角色就这样诞生，作品主要讲述了以红娘为职业的狐妖在为前世恋人牵红线过程当中发生的一系列有趣、神秘的故事。
现代研究生林凡为救人意外身亡，却与修仙界圣女齐紫霄互换灵魂，每隔三天被迫切换身份。一个用现代思维在修仙界推行会员制疯狂敛财，一个借凡人肉身在地球追凶破案、探索灵脉。两人隔空合作、互填大坑，既要隐藏身份，又要在一年后联手战胜圣子，才能改写联姻命运。而随着灵气复苏浮现，两个世界的秘密正悄然交汇。
和他同乘一班列车的少女桂言叶（冈嶋妙 配音）让伊藤诚（平川大辅 配音）久久不能忘怀，两人看似遥远的距离被日复一日的电车生活慢慢拉近了。在青少年间有一个传说，如果把喜欢的人的照片设置成为手机背景并且3个星期不被人发现的话，就可以实现成为恋人的愿望，虽然诚并不相信，但为了抒发他对言叶的感情，他仍然照做了。诚的同桌西园寺世界（河原木志穗 配音）发现了诚的秘密，热心的她决定帮助诚达成他的愿望。但在这过程中，西园寺世界发现自己对诚的感情有了微妙的变化，看着满眼只关注着言叶的诚，西园寺世界的心情非常复杂。
在一颗名为“赤星”的行星上，人类移民政权天柱会，利用名为“苍寰晶石”的神秘物质，建造了能够改造大气的装置——“浑天”。
