《灵剑尊》是由索以文化制作的3D动画。根据同名小说《灵剑尊》和漫画《灵剑尊》改编。该动画讲述了落魄少年楚行云立志要改变现状奋发图强创造一片新天地的故事大梦一场，落魄少年立志要改变现状奋发图强创造一片新天地。珍奇异宝，功法武决，遗失的强者洞府，在这个天才辈出，充满挑战和机缘的时代，且看落魄少主如何闯荡大陆、遭奇遇，成为叱咤风云的至尊天帝。以前的仇人，现在，绝不会放过！梦中的遗憾，现在，一定要弥补！待到灵剑长啸之时，天地三界，我为至尊！
罗家少主罗征因父亲遇害沦为肉靶，却意外获得《太上炼器法》，从此以身为器，承受攻击便能淬炼肉身。为救被困炼狱山的妹妹罗嫣，他逃离罗家、反杀邪琅，进入青云宗，历经海试与血色试炼，加入小雨峰，并冒险前往南方荒原猎杀刀虫。经历母皇、地心火与龙堡伏杀后，罗征实力大增，也逐渐卷入诸葛家与宗门势力的阴谋。
故事发生在名为三嶋崎的海边小镇之上，私立美滨学园中，来了一位名叫风见雄二（樱井孝宏 配音）的转学生，然而，让雄二没有想到的是，在学园之中只有五名学生，并且全部都是女性，就这样，在小小的高墙之中，雄二的新生活就此展开。拥有美丽外表但性格孤僻的大小姐榊由美子（田中凉子 配 音）、个性开朗活泼，稍稍有些男孩子气的周防天音（田口宏子 配音）、倔强傲娇运气极差的松岛满（水桥香织 配音）、外表天真可爱实则有着悲惨过去的入巢莳菜（民安智惠 配音）和尽忠职守的天然呆小岭幸（清水爱 配音），五个表面看来天真烂漫的女孩，各自却有着灰暗的过去，雄二的到来能否扫清她们心中的阴霾？
21世纪日本，自动车发生了重大改革，人们开发出有着人工智能、谁都可以安全驾驶的车。
都市兽医苏禾继承祖母遗志，守护蓬莱山救助站。深夜救下重伤黑蟒，竟是龙神苍渊；随后白狐九尾少主涂山璟、雪豹灵兽青珩、黄鼠狼黄棠棠纷纷以伤患身份前来，实为贪图她神秘的万灵治愈之力。继妹苏婉觊觎地皮，勾结长生科技公司，从偷猎骚扰到灵力污染、唤醒恶蛟魑离，步步紧逼。苏禾在五位化形妖兽的守护下，以手术刀和治愈金针，在山林暴雪中展开一场守护之战。
永远的“6时59分”开始了——在佑河家有着代代相传的止界术使用止界术，能够进入森罗万象尽数停止的“止界”。某天，主人公树里的外甥和哥哥，被诱拐犯绑架了。她为了救出他们而不得已使用了“止界术”，却遭到不应存在于那里的、除自己以外的“会动的”人类袭击。他们是尊崇止界术的“真纯实爱会”。围绕着使用止界术时所必需的“石头”，止界之谜、佑河家之谜逐渐浮出水面……
