《灵剑尊》是由索以文化制作的3D动画。根据同名小说《灵剑尊》和漫画《灵剑尊》改编。该动画讲述了落魄少年楚行云立志要改变现状奋发图强创造一片新天地的故事大梦一场，落魄少年立志要改变现状奋发图强创造一片新天地。珍奇异宝，功法武决，遗失的强者洞府，在这个天才辈出，充满挑战和机缘的时代，且看落魄少主如何闯荡大陆、遭奇遇，成为叱咤风云的至尊天帝。以前的仇人，现在，绝不会放过！梦中的遗憾，现在，一定要弥补！待到灵剑长啸之时，天地三界，我为至尊！
前世猝死的江南穿越后绑定学科满级系统，为拿奖励苦练控分，常年卡及格线装睡。一次奥数难度突击考，监考老师见他酣睡，打赌说及格就任他睡觉。全班学霸哀嚎，他却暗笑。
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故事发生在2029年，被病毒袭击的日本陷入了混乱之后被名为“GHQ”的暴力组织全面接手，政府逐渐成为了傀儡。在这样动荡的大环境下，樱满集（梶裕贵 配音）只是一名平凡的高中生，过着属于他的平凡生活，直到那个叫做楪祈（茅野爱衣 配音）的少女出现在他的眼前。祈的真实身份为“葬仪社”的成员，这个社团以从GHQ的手上夺回日本自治权为目标不断进行着危险而残酷的战争。在组织首领恙神涯（中村悠一 配音）的引导之下，集成为了组织的一员，结识了同僚筱宫绫濑（花泽香菜 配音）和鸫（竹达彩奈 配音）等人。随着战斗的升级，各种迹象显示出集似乎拥有着神秘的力量，而躲在诸多敌人背后的究竟是怎样强大的存在，众人无从而知…
神崎瞳（坂本真绫 配音）是一位平凡的十五岁高中女孩，她喜欢着田径队的学长天野，却又没有勇气将自己的心意告诉他。某日，瞳意外得知天野一家人即将移民，这也就意味着，瞳将再也无法见到学长了。与此同时，奇怪的场景和幻想接二连三的出现在了瞳的梦中，这真实的场面让瞳感到十分困扰。在一个神秘声音的指引之下，瞳来到了异世界盖亚，现身于龙之铠甲艾斯嘉科尼之中。原来，瞳的真实身份是“羽翼之神”，亦是唯一能够拯救同黑龙族陷入战争的盖亚之所在。肩负着巨大的压力，瞳这才感受到生命的沉重，她同龙族的年轻国王邦（关智一 配音）并肩作战，誓要保护盖亚这片纯洁的土地。
佟湘玉（闫妮 配音）身为同福客栈的掌柜，却有着不一般的身世和不为人知的过去，她眼观六路耳听八方，为人处世圆滑又不失分寸，是一位能够掌控大局的老板娘。白展堂（沙溢 配音）曾经是江湖传说中的盗圣，如今金盆洗手，成为了客栈的跑堂伙计，为人耿直善良的他和佟湘玉渐渐走到了一起。郭芙蓉（姚晨 配音）平日里大大咧咧，冒冒失失，但有着一颗痴情而正直的心，她满心里想着的，就是和毒舌秀才吕轻侯（喻泰恩 配音）一起双宿双飞，过上日出而作日落而息的幸福生活。小小的同福客栈之中藏龙卧虎，众人在打打闹闹之中撞破了一个惊人的阴谋，在武林之中掀起轩然大波。
海鸥学院七大不可思议之一“厕所里的花子君”和他的助手八寻宁宁。在没有大事发生的时候都在做什幺呢？
鱼住陆生（小林亲弘 配音）是一个无论是长相还是性格都非常普通的男人。大学毕业之后，陆生并没有削尖了脑袋想要挤进大企业里，而是选择去便利店成为了那里的一名打工人，所有人都对陆生的选择表示不解，但陆生脑中有着他的算盘。森之目榀子（花泽香菜 配音）在一所高中里担任代课老师的职务，因为曾经的一段悲惨经历，导致榀子紧紧的封闭起了内心，不再接受任何人的关怀。陆生喜欢上了这样的榀子，默默的守候在她的而身边。野中晴（宫本侑芽 配音）是早早就离开了家走上了社会的早熟少女，在机缘巧合之下她喜欢上了陆生，并且知晓了他对榀子的感情。
上古十大神器“太一轮”，因在其刻上了“太白克太辰”，使得历史产生了巨大的变化。太白帝国由于量产“机关兽”，并用其强大的武力掌握了神州大地。但野心无垠，太白帝国为了追求比神州大地更辽阔的版图，意图取得天下。时为太白历99年。太白帝国疆土底下烽烟四起，天下各地都持续着帝国与反抗军的战斗。在用古代动力驱动的帝国“机关兽”面前，一名反抗军少女手持传说中神器之一“轩辕剑”挺身而出。而那时，少女的青梅竹马少年却沦为帝国的奴隶。命运使然，即使少年的聚落曾被袭击，他仍然无法自拔地深陷于机关术的魅力之中。在历经了生离死别各种造化之后，两人皆以为与对方生死相别却又重逢时，众人的命运，也尽被卷入了历史的滚滚浪涛之中。
