《灵剑尊》是由索以文化制作的3D动画。根据同名小说《灵剑尊》和漫画《灵剑尊》改编。该动画讲述了落魄少年楚行云立志要改变现状奋发图强创造一片新天地的故事大梦一场，落魄少年立志要改变现状奋发图强创造一片新天地。珍奇异宝，功法武决，遗失的强者洞府，在这个天才辈出，充满挑战和机缘的时代，且看落魄少主如何闯荡大陆、遭奇遇，成为叱咤风云的至尊天帝。以前的仇人，现在，绝不会放过！梦中的遗憾，现在，一定要弥补！待到灵剑长啸之时，天地三界，我为至尊！
在一次邂逅中得到死神的力量而成为“代理死神”的黑崎一护，
随处可见的普通高中生——柏树朝。有一天5个来自世界各地的女生转来了他的班级：爱生、阿米莉亚、卡琳、伊莉雅、梦华。尽管跟她们的初次相遇可是说是非常糟糕，但放学后不知为何她们全员向朝表白了。虽然一开始拒绝了她们的表白，但是听到少女们「没有其他地方可以去了」的心声，朝心一软开始了同居。然而从那以后朝的非日常生活开始了。朝每天被采取离奇举动的少女所折腾。以及发生在身边的、难以想象的、不可思议的事情。然而，在这种可以说是异常的日子里朝与这些少女打成一片，心灵相通。在忙并快乐着的日子开始不久的某一个夏日。朝与阿米莉亚、卡琳、伊莉雅、梦华4人来到海边度假。然而阿米莉亚等人在朝的面前突然消失，留下的只有沙滩上的脚印。朝也因此感到十分混乱。此时在朝面前出现的是并没有参加度假的爱生。记忆混乱之时，朝忘记了阿米莉亚等人的存在，在海边的别墅内与爱生过着二人世界。然而朝对这一切逐渐产生了违和感。爱生察觉到了朝的困惑，为了阻止他胡思乱想，爱生将朝带到了某个地方。在盛开的樱花树下，爱生向朝表达了自己的爱慕之情。然而完全想起阿米莉亚等人的存在的朝，向爱生询问了大家的去向。下一个瞬间，一阵强风吹过，回过神来，爱生的身影已经不见了。取而代之的是一名少女。5名少女就这样消失了吗？出现在朝面前的名叫「爱」的少女到底是谁？她们与朝复杂的过去即将揭晓。
乔纳森·乔斯达与DIO决战后的一百年，DIO复活了。同时，乔瑟夫的孙子，空条承太郎发现自己有幽波纹（替身）能力，DIO的复活影响了没有替身抵抗能力的母亲，陷入病危情况；为了拯救命在旦夕的母亲，承太郎与乔瑟夫出发前往DIO的所在地——埃及。
一天，地球突然降落了一艘来自遥远星球的飞船，飞船里跳出来的，竟是百变霸王龙！这次，他拿着升级版百变高科技装备，再一次四处驱赶地球居民，地球居民面临严重的威胁！为了保护地球居民，宇宙护卫队重装出发！
在游戏中心打工的青年草壁莲司，偶然目睹了一幕：情人节当天，一位英国少女莉莉独自一人沉迷于抓娃娃机。无论尝试多少次，她始终无法抓到奖品，眼看着要落泪的她，让莲司忍不住伸出援手。在成功抓到娃娃后，莉莉几天后送给莲司一张意想不到的信息卡——“Be My Valentine!”（请做我的恋人！）这是与一位可爱而天真烂漫的英国少女的邂逅，一个因误会而起的异文化交流故事，就此在游戏中心展开！
十年前，东京出现了一个不能解释的领域。从那片领域走出的人获得了一种特殊的超能力——可以随意夺取他们的性命。却如恶魔般从此失去了梦与心。那片神秘的区域被叫做地狱门，而那些因此获取超能力的人被叫做契约者。美国的CIA，英国的MI6，日本的警视厅统统对神秘的地狱门进行了调查研究，甚至那个庞大的神秘组织潘多拉也开展行动，妄图消灭契约者们。知道真相的契约者们则团结在一起进行对抗。而另一方面，有着“黑之死神”之名的黑（木内秀信 配音）接受命令执行着组织的任务，同时也一直在寻找5年前失踪的妹妹。在执行任务的过程中黑偶遇之前的恋人琥珀（川上伦子 配音），发现眼前此人似乎隐藏着一些不为人知的秘密。究竟黑会不会知道琥珀真正的身份？他和妹妹是否能重逢？而人类和契约者的情况会如何发展？
