《灵剑尊》是由索以文化制作的3D动画。根据同名小说《灵剑尊》和漫画《灵剑尊》改编。该动画讲述了落魄少年楚行云立志要改变现状奋发图强创造一片新天地的故事大梦一场，落魄少年立志要改变现状奋发图强创造一片新天地。珍奇异宝，功法武决，遗失的强者洞府，在这个天才辈出，充满挑战和机缘的时代，且看落魄少主如何闯荡大陆、遭奇遇，成为叱咤风云的至尊天帝。以前的仇人，现在，绝不会放过！梦中的遗憾，现在，一定要弥补！待到灵剑长啸之时，天地三界，我为至尊！
故事讲述无聊的神明们制作了一个终极益智游戏《诸神的游戏》，从冰里长眠3000年，热爱游戏的前神明少女レオレーシェ苏醒后做出宣言，「带上这个时代最会玩的人！」，而被指名的フェイ是备受期待成为「近年最强的新人」的使徒，两人共同挑战难度极大且还没有人类能完全攻略的《诸神的游戏》。
故事发生在名为三嶋崎的海边小镇之上，私立美滨学园中，来了一位名叫风见雄二（樱井孝宏 配音）的转学生，然而，让雄二没有想到的是，在学园之中只有五名学生，并且全部都是女性，就这样，在小小的高墙之中，雄二的新生活就此展开。拥有美丽外表但性格孤僻的大小姐榊由美子（田中凉子 配 音）、个性开朗活泼，稍稍有些男孩子气的周防天音（田口宏子 配音）、倔强傲娇运气极差的松岛满（水桥香织 配音）、外表天真可爱实则有着悲惨过去的入巢莳菜（民安智惠 配音）和尽忠职守的天然呆小岭幸（清水爱 配音），五个表面看来天真烂漫的女孩，各自却有着灰暗的过去，雄二的到来能否扫清她们心中的阴霾？
1913 年 10 月。日之本是一个因大规模铁路线关闭而导致大部分铁路消失的国家。楠是位于熊本县的大市屋市场。通过以蒸汽机车 8620 及其铁路同伴八六为中心的旅游推广，疲惫不堪的经济得以重建。该城市取得了巨大的成功，并成为铁路修复的圣地。为了进一步增强复苏势头，并促进全国各地铁路运营商和马伊特铁路之间的交流，计划举办第1届Maitetsu节。用于控制铁路车辆运行的人形模块“铁路”也由各自的主人从全国各地集结。受到人类每天举行的会议的启发，女孩们决定也想做点什么。铁道峰会由著名铁路公司铃木站主办。他们聚集在车站前的“Amagiro咖啡厅”，绞尽脑汁想要给Maitetsu祭增添更多的色彩。
升上高中2年级的香澄一行人，她们的乐团“Poppin'Party”因为忙着学生会、帮忙家里的店、补习班以及打工，5人能聚在一起的时间变少，也一直没办法在乐团的基地“仓库”集合。这时，有1位少女出现在她们的身边——
