《灵剑尊》是由索以文化制作的3D动画。根据同名小说《灵剑尊》和漫画《灵剑尊》改编。该动画讲述了落魄少年楚行云立志要改变现状奋发图强创造一片新天地的故事大梦一场，落魄少年立志要改变现状奋发图强创造一片新天地。珍奇异宝，功法武决，遗失的强者洞府，在这个天才辈出，充满挑战和机缘的时代，且看落魄少主如何闯荡大陆、遭奇遇，成为叱咤风云的至尊天帝。以前的仇人，现在，绝不会放过！梦中的遗憾，现在，一定要弥补！待到灵剑长啸之时，天地三界，我为至尊！
蓝原柚子（竹达彩奈 配音）是一名高中一年级的女生，外表看上去非常时尚的她，实际上却是一个内心里意外的天真，一点恋爱经验都没有的纯情女孩。由于家庭的原因，柚子进入了一所女子高中就读，这让柚子的心里非常不满，因为在这里，她能交到男朋友的概率简直微乎其微。刚刚入学的第一天，柚子便和学生会长芽衣（津田美波 配音）相遇了。芽衣是学校里公认的美人，无论是外表还是成绩还是家世都将其他的同龄人远远的抛在身后。柚子因为一场误会而对芽衣的影响极为糟糕，更糟糕的是，当她回到家里时发现，芽衣竟然成为了她的义姐，两人即将住进同一屋檐下。
家族大会之后，炎绝在逃亡路上被叶星云设局击毙，炎武一族实力骤减。玄冥世家蠢蠢欲动，绑架叶雪云想借机与青羽世家摊牌，却被叶星云安插在宁城的密探羽音发觉，最后叶星云亲自前往玄冥地牢，不但救出叶雪云，更在机缘巧合下寻到丢失多年的神物——玄鸟之羽。玄鸟之羽引起天地异象，绝世秘境通天古墓再次现世，各方势力集结宁城，最终谁将得到通天古墓中的绝世珍宝……
过去，在被称作冬木的城市曾举行过由七位魔术师与英灵参加的“圣杯战争”。 然而趁着第二次世界大战的混乱，“某位魔术师”强行夺走了圣杯—— 数十年过去，千界树一族高举那个圣杯为象征，叛离了魔术协会，宣布独立。 愤怒的魔术协会派遣了刺客，但他们却遭到了召唤出的Servant的反击。
