新干线超进化研究所为了从诞生于“漆黑新干线”的巨大怪物体手中守护日本的未来，人们开发了“新干线变形机器人SHINKALION”。具备与SHINKALION较高适合率的孩子们成为驾驶员，与研究所员齐心协力，面对强大的敌人！究竟“漆黑新干线”的目的是……。孩子们能否守护日本的未来……。变身！SHINKALION！
舞台是在某个国家的某个地区莫斯特城市。在陈旧大楼的二楼有一家发行《月刊妄想科学》的小出版社。《月刊妄想科学》是一本异想天开，报道“真是吓人一跳！”的事件、即使是科学家也会发出“要不行啦！”声音的超科学现象的科学杂志。工作人员只有帅哥主编兼编辑的塔罗·J·铃木。再加上小学生助手吉罗·田中和狗狗三郎。编辑部一直是空的，塔罗、吉罗和三郎都沉浸在同一栋大楼1F的咖啡馆《岩石（ROCK）》中。有一天，科学家戈洛·佐藤前来咨询，由此开始了一个异想天开的故事……。
聪明活泼的逗逗、迪迪希望能够成为帮助村民解决各种问题的酷比侦探。爷爷告诉他们：要成为真正的酷比侦探，必须通过重重考验，集齐100枚酷比徽章。他们接到村民们的求救：甜甜无故失踪、考拉的蛋糕被偷、阳光森林出现怪物。为了帮助村民，他们勇敢地开始了一系列充满冒险、趣味十足的“侦探之旅”。通过细心观察、层层推理，他们最终为村民们解决了一个又一个的难题，如愿获得酷比徽章。
皇朝将军的孙女苏荷为了调查灾祸原因来到天都附近的白雾山，谁知竟遇到大妖破封伤人，幸得方士莫寻真挺身相救。而在大妖破封的背后，是一系列布局多年的阴谋诡计。命运交织，真相待寻，冒险就此展开。
公元1333年，为日本的武士治国打下基础的镰仓幕府，因为深得信赖的幕臣·足立高氏的谋反而灭亡。失去一切、被推入绝望深渊的幕府正统继承人·北条时行，在自称是神的神官·诹访赖重的指引下逃出了化为焦土的镰仓……。时行在逃亡到诹访后，遇见了值得信赖的伙伴，并慢慢累积夺回镰仓所需的力量。面对时代变迁的惊涛骇浪，与「战斗」、「死亡」的武士生存之道背道而驰，时行选择以「逃跑」、「求生」克服困境。开始于这英雄众多的乱世，时行重新夺回天下的鬼抓人游戏将如何发展呢――。
