新干线超进化研究所为了从诞生于“漆黑新干线”的巨大怪物体手中守护日本的未来，人们开发了“新干线变形机器人SHINKALION”。具备与SHINKALION较高适合率的孩子们成为驾驶员，与研究所员齐心协力，面对强大的敌人！究竟“漆黑新干线”的目的是……。孩子们能否守护日本的未来……。变身！SHINKALION！
洞悲和洞喜生活在一个偏僻的小村庄，黑暗三大帮的入侵，让整个村庄横尸遍野，为了打败高手云集的黑暗三大帮，洞悲和洞喜拜师学艺，过关斩将，终于成为武林高手！
故事发生在大名鼎鼎的绫薙学园之中，这里是孕育音乐艺能界新星的温床。在所有学科之中，“音乐学科”位居金字塔的上层，而由三年级顶级生所组成的“华樱会”更是学生们可望不可及的神圣存在，传说，被华樱会的首领凤树（诹访部顺一 配音）所选中的人，将会接收他的“特别指导”，送往无可估量的前途。初来乍到的新人星谷悠太（花江夏树 配音）、容易害羞怯场的那雪透（小野贤章 配音）、资质优异却容易冲动的月皇海斗（朗斯贝里·亚瑟 配音）、沉默寡言容易被人误解的天花寺翔（细谷佳正 配音）、心地善良外冷内热的空闲愁（前野智昭 配音），他们虽然拥有着无限的潜力，却因为各自的种种而成为了落选者，凤树的出现改变了他们的命运。
聚焦一个人类领导的一支超人类军队小分队，包括狼人、吸血鬼、弗兰肯斯坦的怪物和戈耳工女妖，TSS的黄鼠狼也会出现。
春天来了。为太子与小王子选定新娘的都传典礼开始了。南家公主滨由、西家公主益穗薄、北家公主白玉，还有代替生病的妹妹突然来到宫殿的东家公主瀬さな。四人中只有一人会被选为年轻王子的妻子，而年轻王子将成为下一任“金乌”和山内的统治者。在女子花园紧张的气氛中，阿瑟比对尚未见过的年轻王子的感情愈发强烈。
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