故事发生在19世纪末。 AKUMA 是将悲叹悲剧的弱心召唤的灵魂困在魔法躯体中而产生的。它们会成为只会不断进行杀戮的致命武器，并通过制造更多的恐惧和悲剧而不断进化。 AKUMA 是由千年伯爵领导的“诺亚氏族”制造的，他们密谋毁灭世界。
三年之约后，萧炎终于在迦南学院见到了薰儿，此后他广交挚友并成立磐门；为继续提升实力以三上云岚宗为父复仇，他以身犯险深入天焚炼气塔吞噬陨落心炎……
残酷的地下格斗继续进行着。
在某个平凡的夏日，东京遭到了炸弹恐怖袭击。导致日本从平稳的睡梦中惊醒的犯人，仅仅是两个少年。自称为“斯芬克斯”的犯人们，将把全日本卷入一场壮大的游戏。
五十年前，龙城穿越，铁血孤军，高举地球文明的战旗，面对异界万族的恐怖狂潮。五十年后，孟超重生，发现自己做贡献就能变强大。于是重来一世的男主拳打怪兽，脚踩恶魔，手撕古神，镇压异界，这一世，他发誓，一定要改写自己、改写父母，甚至是全人类的结局！
由于时间公主时希的时间法术和御王黎灰的空间法术碰撞，带着叶罗丽仙境的仙子们一起进入了小朋友的内心世界。在这个充满童趣的玩具世界里，他们必须完成游戏和谜题，闯关成功才能回到原本的世界。另一边，每次整点报时，他们就可以从夹缝中回到现实世界，时希和黎灰通过四时钟看见了宇宙的奥秘，奇幻的星系、地球之外的天文世界瑰丽的展现
故事的舞台是互联网系统发达的都市「DEN CITY」。在那里有经由巨型企业「SOL技术社」通过高度的网络技术构筑而成的被称为「LINK VRAINS」的VR空间。人们都在那个VR空间中为体验到全新的决斗而狂热。可是在「LINK VRAINS」中却出现了利用决斗来进行黑客行为的谜之黑客集团「海诺因骑士团」。而他们的目标是将存在于互联网的某处的“AI们的世界=电子界”毁灭。然而在世界受到这样的威胁时，有一名决斗者站了出来。而他的名字正是「Playmaker」。在那场传奇的战斗中，「Playmaker」使用压倒性的决斗将「海诺因骑士团」打倒，成功捕获了「SOL技术社」和「海诺因骑士团」都想要得手的迷之AI程序。一度拯救了世界，然后却突然消声匿迹了，而他的名字就在互联网的世界中一瞬间变得声名远播，成为了传说。而现在，作为「Playmaker」的正体的某位高中生藤木游作，为了寻找过去发生的某件事件的真相，对再次在「VRAINS」出现的「海诺因骑士团」展开了追击...... 以此为契机，命运的齿轮就此转动……迷之AI的真身，「海诺因骑士团」盯上「Link Vrains」的目的，以及隐藏在游作过去的真相到底是———所有的答案，都在「Link Vrains」中
