元宇宙缝隙频现，虚拟世界怪物诡异偷渡现实，隐秘机构元宇宙管理局肩负收容管控重任。楚风继承父母遗志加入管理局，意外激活可扫描诡异、兑换积分强化自身的异常AI"天启"。他一边执行各等级诡异收容任务、驯养具灵智的低级诡异协同作战，一边追查父母当年失踪真相。随着缝隙扩大、内部叛徒与幕后势力浮出水面，楚风在任务升级中逐步触及人类与元宇宙入侵对抗的核心秘密。
某一天，地球上出现了不明来由的RR病毒，将世界卷入灾难之中。受到感染的动物变异成为可怕的怪兽，大举入侵，人类面临毁灭之际筑起了围墙，成立基地市作为人类最后的堡垒。人类在这一段时间经历的磨难，被称为“大涅槃时期”。在极端的生存环境下，人类的体能也在逐渐地进步发展，尚武之风兴起，人类的身体素质相比以前有了质的飞越。而这其中的佼佼者，被称为“武者”。 18岁的罗峰也梦想着成为其中的一员。此时的他即将高考，正面临着人生十字路口的抉择，却不料怪兽的一次袭击影响了他的人生轨迹。在强大怪兽的威胁之下，市内居民面临危险，军方却束手无策。唯有一名武者挺身而出，保卫了基地市的安全。罗峰被武者的强大所感染，暗自立下成为武者以保护所爱之人的决心。这是一切的开始，罗峰武者之路的起点，也拉开了他传奇人生的序幕。 罗峰立志成为武者，前路却并不平坦，他首先要面对的便是外部环境无形中对他施加的影响。罗峰家庭条件不佳，生活拮据，父母无法给予他更多帮助，只能依靠自己的努力。最终，在不断的艰苦磨砺下，罗峰不断发掘自身潜能，得到了能力提升和自我价值的认可。不仅如此，罗峰不仅扛起了供养家庭的重担，还为了守护人类家园、为了人类更好的生存与发展，与其他正义的武者们一起，联手对付凶恶怪兽。在末日绝境之下，罗峰与其他武者们能否击退怪兽、成功守护人类世界？
继《迪迦奥特曼剧场版:最终圣战》的故事时间之后火星移民计划启动，人类纷纷登陆火星和其他领域。新的GUTS——SUPER GUTS成立了，并替代了原GUTS。 转眼间7年过去了，人类取得了巨大的突破，开始了对多种未知世界的开拓。地球人怀着单纯的憧憬以及无限的探求心，向太空进发，人们将此称为新领域的时代。但与此同时，一些新的可怕力量也都苏醒过来。 本作的主人公飞鸟信，是在光中消失的宇航飞行员飞鸟一马的儿子。当时的飞鸟信还和他的父亲约定回来看他打棒球，在此时他却从戴民长官那里得知了噩耗。
所谓的“除妖”，即是把由于某些缘由而从原本应在的“隐世”来到“现世”停留的妖怪们送回“隐世”这一工作。某天，被妖怪附体的高中生·芦屋花绘，依靠偶然发现的联络方式，来到了专门除妖的物怪庵，在那里的是一脸不高兴的店主安倍晴斋。由于某些缘故，芦屋就这样以物怪庵奉公人的身份开始工作……安倍与芦屋的除妖组合和妖怪们的物语就此开幕。
