爸爸是英雄，妈妈是精灵王，艾莲拥有专属于科学家的独特技能——根据自己的喜好来改变物质的结构与合成。在爸爸、妈妈与精灵们的宠爱下，艾莲幸福成长，却在和爸爸造访人间之际被国王盯上，全家人陷入危机？人类和精灵200百年前的纠葛重新被提起，两族似乎永远无法重归于好……诅咒再一次降临人界，无数无辜人民受害。精灵艾莲决定，运用知识和力量，守护人类也守护家人。
这个世界上存在着异形之物，其姿态千变万化，即为“妖梦”，以除去妖梦为业的，即为异界士。本作主人公神原秋人（KENN 配音），看起来是个普通的高二男生，实际上是由人类和妖梦结合而诞生的“半妖”。拥有不死之身的他，于某个黄昏，在校园天台遇见一名想要跳楼的少女栗山未来（种田梨纱 配音），出乎意料的是，少女居然对他发起了攻击。原来，看起来是个普通新生的眼镜美少女，竟是一名能够操纵血的异界士。
东方青苍大战后重返苍盐海，竟落入孔雀军师的陷阱，一波未平，一波又起，另一边，战神赤地频繁现身于小兰花的梦境之中，所为何意？东方青苍与小兰花的冤家旅程行至半途，游离于三界之外的影三界进入众人视野，一个关乎三界平衡的巨大隐秘逐渐浮出水面。
