世界受“魔甲虫”威胁，大地遭其占据，人类如今只能住在天空中的浮游都市里。人类当中诞生出以魔力对抗“魔甲虫”的魔法师——空战魔导士。就读空战魔导士培育机构——学园浮游都市“密斯特岗”的彼方·英司，是被冠上“黑之剑圣”称号的S128特务小队菁英王牌。然而，如今他却被视为“特务小队的叛徒”而受到众人轻蔑、厌恶……某天，彼方被任命为连战皆败的E601小队教官。这支小队收容了三名个性特异的少女——？由叛徒与问题学生少女们展开的雄豪进击，现在启动
卡卡嘟聪明能干，勤奋好学，知识丰富，观察力极强，性格沉稳，心思缜密，推理起案情来自然头头是道，在没有十足的把握之前绝不轻易打草惊蛇；而波波嘟观察力强，憨厚可爱，行动力强，虽然有的时候会闹些笑话，但却时常歪打正着帮助了卡卡嘟，成为了卡卡嘟的好帮手。两人合作探案，破解了一个又一个的谜团。
主要讲述了16岁的少女百千向阳的父母因事故去世，在生日那天她收到一封遗书，里面写有父母留给自己的一份遗产——位于深山老林中的一栋宅邸。以为自己即将住进一个又大又豪华的的宅子的日万里兴高采烈背起行囊，可是当她跋山涉水去到那里时，却发现整个房子破烂不堪如同鬼屋，而且刚一进门就被一个突然出现的裸男给吓个半死……这个名叫七守葵的男子和名叫紫和伊势的两名友人不仅早就擅自住在这里，还神秘兮兮地叫向阳不要靠近屋子，被向阳当场拒绝。事后她发现这三人毫无生活自理能力不算还经常搞破坏，不过最让她头疼的不是这些，而是她意外中发现这三人似乎并不是人类……
在阳光森林幼儿园里，小朋友们每当遇到困难，他们心中的大英雄——百变校巴，就会变身成为警车、消防车、救护车、救援艇、潜水艇和飞机立刻赶到，利用渊博的知识和各种有趣的道具化解危机，守护小朋友的安全，解答小朋友的疑问，并且他和蔼可亲，是小朋友们的良师益友，平常帮助小朋友了解自己的情绪，学会处理社交问题。 本片用童真童趣的方式为小朋友排忧解难，同时与小朋友建立深厚的友情。在《百变校巴》第四季中，百变校巴将继续伴随小朋友经历成长，深入探索情感认知的知识，让小朋友认识自己的情绪，学会与人沟通，从而学习到更多的知识！
