世界受“魔甲虫”威胁，大地遭其占据，人类如今只能住在天空中的浮游都市里。人类当中诞生出以魔力对抗“魔甲虫”的魔法师——空战魔导士。就读空战魔导士培育机构——学园浮游都市“密斯特岗”的彼方·英司，是被冠上“黑之剑圣”称号的S128特务小队菁英王牌。然而，如今他却被视为“特务小队的叛徒”而受到众人轻蔑、厌恶……某天，彼方被任命为连战皆败的E601小队教官。这支小队收容了三名个性特异的少女——？由叛徒与问题学生少女们展开的雄豪进击，现在启动
末世来临，生灵涂炭，人类文明危在旦夕，我，末世避难所的所长，肩负重振人类希望的重担！总裁、电工、程序员等职业人在末世无用武之地？别怕，来我的地下系统避难所辅佐我吧，we need you！
大大的脑袋，顶着三根头发，普通人家的小孩三毛原本拥有幸福的童年，然而战争却让他沦为无依无靠的孤儿。没有父母的孩子连黄狗、乌鸦都欺负得，危难时刻他得到了善良的打鱼老伯的救助，体会到了久违而短暂的幸福。好景不长，恶霸抢走他们的劳动果实，匪兵又残忍枪杀老伯。可怜的三毛再度沦为孤儿，在坟头跪别老伯后，瘦小的男孩漫无目的行走，辗转便来到了大都会上海。他梦想能在这座富庶先进的大城市里吃饱饭，可是此刻正值军阀、投机商人、大资本家、外国人、青帮流氓、骗子横行的旧社会，等待他的将会是什么……本片根据著名漫画家张乐平同名连环画改编。
