故事描述女主角小樱（木之本樱）与男朋友小狼（李小狼）和其他同学从小学毕业后升上初中的故事。在一次小樱做梦梦到53张樱之卡上面的图案都消失了，一名神秘人物出现之后库洛牌都碎掉了，小樱从这个梦醒来翻开封印之书发现库洛牌都变成透明的了!在与知世、小狼和艾力欧的讨论下，小樱重新踏上了收集透明牌的故事。
传说曾有一个古老而神秘的图腾领域，图腾代表着人类崇高的文明与美好的信仰，图腾兽更是用神奇的力量帮助人类，那时人与图腾兽共生，天下太平。但一场战争的爆发却将美好的生活毁于一旦。
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“叮！你赠送徒弟李修的不入流功法《第八套广播体操》，触发万倍返还，恭喜获得神级功法《太玄体术》”。多年以后：“白玉大帝自己那么强也就算了，为什么他的徒弟也个个都是同辈修士中的天花板？” “因为我的师尊从来不藏私！”已成各方巨擘的徒弟们自豪地说道。
