故事描述女主角小樱（木之本樱）与男朋友小狼（李小狼）和其他同学从小学毕业后升上初中的故事。在一次小樱做梦梦到53张樱之卡上面的图案都消失了，一名神秘人物出现之后库洛牌都碎掉了，小樱从这个梦醒来翻开封印之书发现库洛牌都变成透明的了!在与知世、小狼和艾力欧的讨论下，小樱重新踏上了收集透明牌的故事。
灵气复苏，整个世界都被浓郁的灵气所覆盖，地球上的生物被此影响。人类开始觉醒，拥有更强的力量。人类以外的生物同样在灵气影响下飞速进化。
家里开蛋糕店的凛太郎，因为高大的体型与凶狠的外表，从他小时候周围的人都对他抱有严重的偏见。某天，帮忙顾店的凛太郎与现场唯一的客人•薰子相遇了。娇小的她面前却有许多盘吃完的蛋糕，薰子一看见他就立刻逃离店里，凛太郎以为是因为自己的外表又吓到别人，不禁感到失落又自责。隔天放学后，他在自己的学校校门口看见薰子在等人……？相邻彼此、校风迥异的两间高中•千鸟与桔梗，分别就读于这两间学校的凛太郎与薰子，交织出酸甜又多彩的青春物语。
人类的世界惊现原始恐龙，阿莱达星兽基地被恐龙凶兽龙始祖入侵等一桩桩怪事为何发生？答案竟和龙源纪的一道镇守令——龙的密令遗失相关！斗龙战士们将如何对抗这股来路不明的黑暗力量？他们将会面对怎样的重重磨难？人类世界能否回归和平？带着这一系列的疑问，斗龙战士们，开启新的旅程吧！
原作：百瀬こあ
恐龙是史前时代的霸主，曾在地球生存长达数千万年，然而如今恐龙早已灭绝，人类曾对恐龙产生许多好奇，并透过化石研究，一步步探索恐龙世界的秘密。由于百年来的化石发现累积、历代研究专家的奋力不懈，加上现代科技的进步，我们对恐龙的理解越来越多，很多与恐龙有关的谜题也陆续被解开来。让我们一起走进恐龙时代去探索恐龙的奥秘吧！
跟随 JJ（首次直接与观众对话！）和他的好朋友们经历和庆祝人生中的重要时刻。从第一次去朋友家的兴奋，到学习如何照顾宠物，再到第一次去看牙医的恐惧，每个人都能体会到每集节目中的重要时刻。
