故事的地点发生在这个整年都会不可思议地开着樱花而出名的新月型岛--初音岛。梦幻的初音岛上发生了不可思议的现象，本不会枯萎的樱花在一夜之间突然枯萎了。两年之后，樱花再度在初音岛上绽放。主人公朝仓纯一进入风见学园，继续过着校园生活。他的口头禅“好困”消失了，变成了勤勉努力，热衷体育的开朗青年。此时，他的两个妹妹，两年前离去的朝仓音梦..
当凉香从午睡中醒来时，她收到了母亲发来的一条信息，告诉她永远不要离开公寓。
该剧描述了生活在Argon城的年轻技工Beck的故事。Argon城虽然位于电子世界的角落，但却是一个快速崛起的都市。Clu的忠实走狗Tesler将军是这里的统治者。Clu的军队离解了Beck的朋友Bodhi，Beck决定为Bodhi报仇。Beck的行为吸引了电子世界最伟大的战士Tron的注意，Tron决定将其培养成自己的接班人。从此以后，绰号「叛逆者」（The Renegade）的Beck开始在电子世界里传播革命的火种，并为电子世界全体公民的自由而战。
