故事的地点发生在这个整年都会不可思议地开着樱花而出名的新月型岛--初音岛。梦幻的初音岛上发生了不可思议的现象，本不会枯萎的樱花在一夜之间突然枯萎了。两年之后，樱花再度在初音岛上绽放。主人公朝仓纯一进入风见学园，继续过着校园生活。他的口头禅“好困”消失了，变成了勤勉努力，热衷体育的开朗青年。此时，他的两个妹妹，两年前离去的朝仓音梦..
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天才剑修祝明朗为救同伴苍龙白岂变成废人，成为落魄少年，阴差阳错下，却与女武神黎云姿相遇。而后敌人驭龙而来，熊熊龙炎将荒城池吞没，只为杀落魄祝明朗泄愤。祝明朗死里逃生，化身为牧龙师，开启了自己的传奇之路。
生活在现代的雪女后代冰室君，是个一有情绪波动，就会引发暴风雪并制造出雪人或者雪屋的新社会人。由于他对有些独特但很善良的同事冬月小姐的暗恋之情变得越来越强烈，有时候甚至会将周围冰冻起来。另一方面，被周围人认为很高冷的冬月小姐也对神秘的冰室很感兴趣。
圣杯是传说中可实现持有者一切愿望的宝物。而为了得到圣杯的仪式就被称为圣杯战争。
