故事的地点发生在这个整年都会不可思议地开着樱花而出名的新月型岛--初音岛。梦幻的初音岛上发生了不可思议的现象，本不会枯萎的樱花在一夜之间突然枯萎了。两年之后，樱花再度在初音岛上绽放。主人公朝仓纯一进入风见学园，继续过着校园生活。他的口头禅“好困”消失了，变成了勤勉努力，热衷体育的开朗青年。此时，他的两个妹妹，两年前离去的朝仓音梦..
蓝星大陆遭受磁场风暴，导致环境剧变，灵气复苏。在天地灵气的滋养下，人类和动物的各项身体机能被无限激发，历经漫长的岁月洗礼，形成了灵兽和人类常年对峙，争夺生存空间的紧张局面。
大崎娜娜（朴璐美 配音），心怀音乐梦的朋克女青年，曾在家乡和男友本城莲（木内秀信 配音）、好友高木泰（川原庆久 配音）、寺岛伸夫（关智一 配音）合组乐队Black Stones，后因莲被当红乐队Trapnest挖角到东京发展，二人被迫分手。时隔两年，娜娜也决定前往东京， 找来泰和伸夫重整Black Stones旗鼓，誓要和莲的Trapnest一拼高下。小松奈奈（KAORI 配音），永远沉浸在恋爱梦中的不靠谱小镇姑娘，因男友远藤章司（高桥广树 配音）到东京求学备受异地恋煎熬，而今终于有机会移居东京陪伴章司。两个名字发音同为“nana”的女孩相遇在去往东京的新干线上，又十分凑巧地看重同一间“707”号公寓，二人决定合租。
已经是第二次报考东大的景太郎（上田佑司 配音）又失败了，而他记忆中的青梅竹马此刻或许就在东大里等待着他来完成童年的约定。因此，景太郎的第三次东大征程决定了。由于家人的反对，景太郎忍痛离家出走。景太郎的外婆经营着一家名叫“雏田庄”的旅馆，这就是景太郎此次投奔的目的地，但是他不知道，此时的雏田庄已经成为了女生专用的宿舍，而他的第一次光临，就撞见了一丝不挂的住宿生成奈川奈留（堀江由衣 配音），从而引出了一个有笑有泪的爱情故事。在莫名其妙的状况下，景太郎成为了雏田庄的主人，而他所要面对的，是数十个“如狼似虎”的年轻女性。在应付她们的同时，景太郎还要保证自己“东大学生”的伪装不被拆穿，景太郎觉得，他和那个在东大等他的女孩之间的距离似乎越来越远了……
故事从高中女生佐仓千代（小泽亚李 配音）的一场告白开始，她的暗恋对象是与自己同年级的男生——身高一米九、男子气概十足的野崎君（中村悠一 配音），而告白的结果居然是得到了他的亲笔签名。正当千代为自己的告...
同盟大军攻入神域结晶山，直面苏醒的神族之主“天”，各族善战的勇士轮番与天交手。在“天”强大的压迫感下，逆天而行回忆起先辈无数次失败的反抗战争，以及永恒之夜曾预言，他这次与神族交战的结果不再是必败，而是难料，因为这一次，同盟军中有一位特别的“命运之子”，他就是武庚。
