文久三年。倒幕派击败了佐幕派，刀剑的时代宣告结束―――幕末时代。作为刀剑男士的堀川国广和曾经一同被主人用作战斗武器的和泉守兼定，奔跑在雨中的山路。刀剑男士在审神者的激励下，开启了付丧神的道路。他们的使命是将企图改变历史的时间溯行军打倒，以守护“正确的历史”。与陆奥守吉行、药研藤四郎、蜻蛉切、鹤丸国永这些新的伙伴一起，在动荡的时代投身到与时间溯行军的战斗中。刀刃挥舞，刀光剑影。刀剑男士、即刻出阵
诡秘复苏，魑魅横行，人间沦为尸山血海，唯有身具图案者能觉醒为神纹师，成为乱世微光。白血病者化白翼天使，湿疹患者成河流之主，过肩黑龙纹者臂覆龙鳞、一拳震山。正道家族出身的秦绝重回灾变前一日，他违逆祖宗遗训，在身躯刻下禁忌神纹——前胸奈何桥连通地府，牛头马面驱亡魂，十殿阎罗、酆都大帝坐镇；后背四大天使垂眸而立，圣洁威严。身负天堂地府的秦夏，誓要以禁忌之姿，杀穿这病入膏肓的世界！
一场宇宙风暴带来了物种的变异。城市中的毒尸巨怪，挥动着战斧咆哮。丛林中的异兽们，争夺着领地的主权。人类也觉醒了一种名为星力的异能……没有星力的周正穿越到这个末世。利用游戏中盗贼的角色能力，他将撕毁黑暗迷雾，追逐至高的力量。
当冰冷的子弹穿透胸膛，卧底警察最后看到的，是组织首领那张带着嘲讽的脸 —— 他潜伏三年，却因身份暴露，最终死在亲手收集的证据被毁的前一刻。带着未能将犯罪集团连根拔起的遗憾，陆沉闭上了眼睛，可再次睁眼时，刺眼的阳光与熟悉的出租屋让他猛然惊醒：他竟重生回到了三年前，正是自己刚接受卧底任务，准备潜入 “暗鸦” 组织的那一天。
这个世界一直流传一个传说：终有一日，魔王会降临于这个世界，魔王麾下，有七尊恐怖的魔头，他们，将带给这个世界绝望的黑暗。
千年前，人类与这片大陆上称霸的恶兽对抗，勇敢的猎人得到星兽龙王的力量成功驱逐恶兽，星兽猎人从此诞生，兽族也分化为两个派别——星兽和恶兽。少年星成梦想成为出色的星兽猎人，与凯炎兽搭档击退恶兽后得到爸爸认可，进入圣猎联盟学习，并与东阳、西亚、蓝夜成为好友。此时，禁龙猎团鼓动恶兽袭击人类，星成爆发驭龙之力解决危机，凯炎兽却被负能量影响失控。为拯救凯炎兽，星成前往圣山求助圣铠龙团，却遭到禁龙猎团袭击，星成凭借赤焰双龙和凯炎兽的力量击败禁龙猎团。再度失控的凯炎兽离开大家后被禁龙猎团捕捉，星成为救凯炎兽付出驭龙之力，却解封了暗亡魔龙，让猎人世界陷入危机。最后星成唤醒星兽猎神，一举击败暗亡魔龙，恢复世界和平。
