文久三年。倒幕派击败了佐幕派，刀剑的时代宣告结束―――幕末时代。作为刀剑男士的堀川国广和曾经一同被主人用作战斗武器的和泉守兼定，奔跑在雨中的山路。刀剑男士在审神者的激励下，开启了付丧神的道路。他们的使命是将企图改变历史的时间溯行军打倒，以守护“正确的历史”。与陆奥守吉行、药研藤四郎、蜻蛉切、鹤丸国永这些新的伙伴一起，在动荡的时代投身到与时间溯行军的战斗中。刀刃挥舞，刀光剑影。刀剑男士、即刻出阵
江湖新手逍遥生、剑侠客除去了为祸长安的食婴鬼，却因此陷入了更大的谜团。他们为此前往遥远的灵兽村，一路上结识了魔族少女狐美人、骨精灵和各色江湖人士，收获了成长和情谊，却也被卷入了更大的危机。该动画将融合武侠、玄幻、热血、历险、等元素，向观众呈现一段跌宕起伏的江湖传奇故事！
该季将集中塑造瓦坎，讲述黑豹兄妹与自己的老敌人“影子内阁”斗争的故事。
榛名优（小林裕介 配音）是刚刚搬到东京来生活的平凡少年，沉默寡言的他个性十分内向，唯有依靠手机来派遣心中的所思所想，所以在外人眼中，榛名优就是一个整天抱着手机的“低头族”。一次偶然之中，榛名优邂逅了名为秋月风夏（Lynn 配音）的少女，和自己不同，风夏竟然连手机都没有，这让榛名优感到十分不可思议。风夏是乐队“The fallen moon”的主唱，在她的邀请之下，榛名优加入了乐队成为了贝斯手，一段懵懂的感情在两人之间慢慢酝酿。与此同时，榛名优在网络上和自己曾经青梅竹马的玩伴冰无小雪（早见沙织 配音）重逢了，如今的小雪已经成为了在日本名声大噪的偶像歌手。
