为了整理外婆的遗物，主人公鹰原羽依里在暑假独自来到了鸟白岛。走下一天只有几趟的渡轮，他遇见了一位少女。她任凭海风吹拂着发丝，只是眺望着……那水天相接的边境。回过神来，那位少女不知已经去往何方。羽依里似乎有些怅然若失，但他还是向外婆家走去。有一位羽依里的小姨住在外婆家，她已经开始在那里整理遗物了。羽依里帮忙整理着充满着外婆回忆的遗物时，也逐渐适应了初来乍到时让他无所适从的“岛上的生活”。在都市生活中无法体会到的，与大自然的邂逅。这样的岛上生活，能让他想起曾经遗忘的，值得怀念的点点滴滴。
青春期综合征――传闻中由不稳定的精神状态引发的奇妙现象。曾于高中时期邂逅过各类青春期综合征少女的"梓川咲太"也已成为大学生。作为国民级人气女演员的恋人"樱岛麻衣"一同考入金泽八景某大学的他，在校园里发现了一位不合时令的迷你裙圣诞少女。吃了一惊。"你居然能看见我啊"似曾相识的台词。
年轻人的脸上已满是泪水和泪痕。「今年第一次」苏丹的苏丹，......苏丹是苏丹的苏丹。SNS是一家拥有大量员工和雇员的小型企业。关于MASTER LIGHTS的惊人消息。孩子、母亲、父亲、儿子、女儿出生四周年听说你来这里，我非常高兴。
三年前的那场事故 使得凉宫遥以及鸣海孝之的人生发生了巨大的变化。
乔纳森·乔斯达与DIO决战后的一百年，DIO复活了。同时，乔瑟夫的孙子，空条承太郎发现自己有幽波纹（替身）能力，DIO的复活影响了没有替身抵抗能力的母亲，陷入病危情况；为了拯救命在旦夕的母亲，承太郎与乔瑟夫出发前往DIO的所在地——埃及。
